棗基因組SSR位點特征分析及引物開發(fā).pdf

1、棗（Ziziphus jujuba Mill.）是我國特色果樹樹種之一，具有重要的經(jīng)濟價值。SSR（Simple Sequence Repeats，簡單重復(fù)序列）是指基因組中存在的1-6個核苷酸的簡單串聯(lián)重復(fù)序列，是基因組的重要組成部分，了解其分布及特征有助于解釋物種基因組的構(gòu)成與進化;同時，SSR引物的開發(fā)可為物種的遺傳多樣性分析、品種鑒定及分子育種提供參考。本試驗首先對課題組測序獲得的棗基因組數(shù)據(jù)進行SSR位點搜索，分析棗基因組SS

2、R位點的分布特征，并使用相同搜索標(biāo)準與蘋果、梨、葡萄等近緣物種基因組SSR位點進行比較;然后，根據(jù)搜索出的SSR位點批量設(shè)計引物，先用6個品種進行多態(tài)性引物初篩，再在20個棗品種中驗證其多態(tài)性，同時在被子植物不同科的物種間檢測棗SSR引物的通用性。主要結(jié)果如下:
　　1、在3027條棗基因組的scaffold序列中(占棗預(yù)測基因組大小90.00％)，利用MISA軟件搜索SSR位點，發(fā)現(xiàn)2144條含有SSR位點，占序列條數(shù)的70.8

3、3％。共檢測出436676個SSR位點，平均每0.93kb就出現(xiàn)1個SSR位點，且以完全重復(fù)型SSR為主（401456個）。進一步分析發(fā)現(xiàn)，棗基因組的SSR位點存在480種重復(fù)基元類型，占主要地位的是單至三核苷酸重復(fù)類型。以單核苷酸SSR位點數(shù)量最多(283301個);其次是二核苷酸和三核苷酸（106537個和38168個）;四、五、六核苷酸重復(fù)類型的SSR位點數(shù)量很少，三者共占全部SSR位點的3.84％。
　　2、棗基因組SSR

4、位點中，單核苷酸以A/T重復(fù)基元為主，比例高達98.48％;二核苷酸中主導(dǎo)的重復(fù)基元類型為AT/AT，比例為74.33％;三核苷酸中的優(yōu)勢基元類型為AAT/ATT，比例為64.17％;四、五、六核苷酸重復(fù)的優(yōu)勢基元類型分別為AAAT/ATTT、 AAAAT/ATTTL AAAAAG/CTTTTT。
　　3、在相同搜索參數(shù)下，對棗、蘋果、梨、桃、草莓、梅花、桑樹等已測序薔薇目植物和葡萄基因組中SSR位點分布進行比較，發(fā)現(xiàn)棗基因組中S

5、SR位點的密度最大，達到了387個/Mb。
　　4、利用Primer3.0軟件對棗SSR位點引物進行批量設(shè)計，成功設(shè)計了78928對引物，占SSR位點總數(shù)（除單核苷酸重復(fù)類型外的SSR位點總數(shù)，153375個）的51.46％，經(jīng)過篩選后得到30565對引物。其中，以二核苷酸和三核苷酸重復(fù)類型為主，比例分別為81.48％和13.39％。
　　5、利用6個品種對隨機挑選的1000對引物進行篩選，得到有效擴增引物725對，多態(tài)性引

6、物511對，其中包括243對二核苷酸重復(fù)SSR引物和232對三核苷酸類型引物。
　　6、隨機挑選16對棗SSR引物對20個棗品種進行分析，共擴增出了68條多態(tài)條帶，平均每對引物擴增4.25個多態(tài)性片段，引物的PIC值在0.51-0.72之間，平均為0.61，均為高效率引物。
　　7、隨機挑選了64對棗SSR引物對8個科的15種植物進行分析。統(tǒng)計分析35對多態(tài)性引物，共擴增出了107條多態(tài)性條帶，每對引物平均擴增出3.06個多