藏羚羊基因組微衛(wèi)星特征分析與引物驗(yàn)證.pdf

1、藏羚羊全基因組序列公布后,充分研究和獲取基因組微衛(wèi)星序列的數(shù)據(jù)特征以及從全基因組序列中查找具有多態(tài)性的微衛(wèi)星座位,開發(fā)準(zhǔn)確高效的微衛(wèi)星引物,對(duì)藏羚羊及近緣物種的保護(hù)遺傳學(xué)研究具有重要意義。
　　本研究以藏羚羊基因組數(shù)據(jù)庫(kù)為基礎(chǔ),利用MISA軟件對(duì)藏羚羊基因組進(jìn)行微衛(wèi)星分離,分析研究藏羚羊核基因組DNA中微衛(wèi)星分布情況和特征。同時(shí)結(jié)合引物設(shè)計(jì)軟件Primer3.0自動(dòng)設(shè)計(jì)生成微衛(wèi)星引物,設(shè)定相關(guān)隨機(jī)抽取的參考標(biāo)準(zhǔn),抽取部分引物,通過(guò)

2、聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測(cè)篩選具有多態(tài)性的微衛(wèi)星位點(diǎn),進(jìn)而通過(guò)毛細(xì)管凝膠電泳檢測(cè)驗(yàn)證引物多態(tài)性是否一致。
　　研究結(jié)果如下:
　　1、以2696.89Mb的藏羚羊全基因組數(shù)據(jù)庫(kù)為基礎(chǔ),共查找到723135個(gè)微衛(wèi)星座位,其中完全型微衛(wèi)星有675809個(gè)。
　　2、在六種微衛(wèi)星重復(fù)類型中,單核苷酸有471142個(gè)占69.72％,是比重最多的一類微衛(wèi)星;其次是二核苷酸、三核苷酸,分別為88832個(gè)和86658個(gè),占總數(shù)的13.1

3、4%和12.82%;六核苷酸含量最少,僅215個(gè),約占0.03%。其中,單核苷酸、四核苷酸、五核苷酸以及六核苷酸中A/T重復(fù)單元比較豐富;二核苷酸重復(fù)類型中,最常見的是 AC/GT重復(fù)單元,其次是AT/TA重復(fù)單元,而GC/CG重復(fù)單元數(shù)量最少;三核苷酸中,AGC/GTC數(shù)量最多,其次是ACG/CTG和AAC/GTT,而CCG/CGG數(shù)量最少。
　　3、從自動(dòng)設(shè)計(jì)的46286對(duì)微衛(wèi)星引物,隨機(jī)抽選100對(duì)藏羚羊微衛(wèi)星引物,共獲得8