ChIA-pET數(shù)據(jù)分析及數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站構(gòu)建.pdf

1、染色質(zhì)遠(yuǎn)程交互在轉(zhuǎn)錄調(diào)控中發(fā)揮著重要作用。2002年起，染色質(zhì)構(gòu)象捕獲技術(shù)(3C)及其衍生方法不斷發(fā)展，該方法用于揭示DNA與DNA之間的空間位置關(guān)系。基于配對(duì)末端標(biāo)簽測(cè)序的染色質(zhì)交互分析技術(shù)(ChIA-PET)將3C與ChIP相結(jié)合，可用于描繪全基因范圍內(nèi)特定蛋白介導(dǎo)的染色質(zhì)交互圖譜。
　　ChIA-PET Tool為一個(gè)ChIA-PET數(shù)據(jù)處理的軟件，最初于2010年公開(kāi)發(fā)表。在原版ChIA-PET Tool的基礎(chǔ)上，我們對(duì)C

2、hIA-PET數(shù)據(jù)處理流程進(jìn)行了升級(jí)和更新，完成了新的版本ChIA-PET Tool-v3.0。在基本框架結(jié)構(gòu)不變的前提下提升了性能，其中包括:1)更易安裝與使用，2）運(yùn)行速度有所提升，3）對(duì)染色質(zhì)交互篩選的條件更加嚴(yán)格。同時(shí)，在ChIA-PET Tool-v3.0中，我們?cè)黾恿诵碌墓δ埽?）在程序運(yùn)行的過(guò)程中生成了大量統(tǒng)計(jì)信息，幫助用戶(hù)評(píng)估數(shù)據(jù)質(zhì)量;2)新流程不僅可以處理雙端短讀長(zhǎng)ChIA-PET數(shù)據(jù)，而且可以處理單端測(cè)序的短讀長(zhǎng)

3、ChIA-PET數(shù)據(jù);3）對(duì)這一軟件進(jìn)行進(jìn)一步改進(jìn)，處理新發(fā)表的長(zhǎng)讀長(zhǎng)ChIA-PET數(shù)據(jù)。目前，此軟件存放在GitHub上(https://github.com/GuoliangLi-HZAU/ChIA-PET_Tool)。
　　我們使用此改進(jìn)版軟件處理了目前已發(fā)表的ChIA-PET數(shù)據(jù)，得到DNA與DNA間的交互數(shù)據(jù)，以及特定蛋白在染色體上的結(jié)合位置（峰值），并利用這些數(shù)據(jù)構(gòu)建了一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)。此數(shù)據(jù)庫(kù)包含除未得到交互的GSE

4、42237外的所有處理結(jié)果，總計(jì)64個(gè)文庫(kù)。該ChIA-PET數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)包括以下內(nèi)容:1）ChIA-PET染色質(zhì)遠(yuǎn)程交互數(shù)據(jù)及峰值數(shù)據(jù)存儲(chǔ)，2）處理后數(shù)據(jù)的基本信息統(tǒng)計(jì)，3)數(shù)據(jù)檢索并利用D3實(shí)現(xiàn)可視化，其中包括染色質(zhì)間的交互、交互網(wǎng)絡(luò)、基于兩點(diǎn)和單點(diǎn)的交互檢索，4）同時(shí)收集了ChIA-PET的相關(guān)文獻(xiàn)。
　　作者通過(guò)改進(jìn)ChIA-PET Tool及構(gòu)建ChIA-PET數(shù)據(jù)庫(kù)，為用戶(hù)對(duì)ChIA-PET實(shí)驗(yàn)結(jié)果的處理和利用提供了方便