影響轉(zhuǎn)錄因子JunD結(jié)合的功能性遺傳變異系統(tǒng)發(fā)掘及其與肝癌易感性的關(guān)系研究.pdf

1、轉(zhuǎn)錄因子JunD在肝癌發(fā)生以及發(fā)展中的作用已被報(bào)道。本研究的側(cè)重點(diǎn)在于影響JunD結(jié)合的功能性遺傳變異的系統(tǒng)挖掘，提供了完整而可靠的研究方法。首先從全基因組范圍內(nèi)的ChIP-chip數(shù)據(jù)出發(fā)，在84032個(gè)候選SNP中嚴(yán)格篩選到39個(gè)位于JunD結(jié)合的保守序列中并且在中國(guó)人群中突變頻率大于百分之5的SNP，即最有潛力影響JunD結(jié)合的SNP，理論上不會(huì)遺漏任何有意義的SNP，使假陰性率最小化。而后通過(guò)大樣本量的病例-對(duì)照研究，考察上述S

2、NP與肝癌易感性的關(guān)聯(lián)，統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示rs4951541、rs2232965、rs281230、rs7820850這四個(gè)SNP p值小于0.05，即表示這些SNP與肝癌的發(fā)生有顯著關(guān)聯(lián)，另外計(jì)算優(yōu)勢(shì)比(OR)及其95％置信區(qū)間，顯示rs4951541A＞C多態(tài)性為肝癌的風(fēng)險(xiǎn)型突變，rs4951541CC基因型的個(gè)體發(fā)生肝癌的概率是rs4951541AA基因型的個(gè)體的1.453倍;rs2232965C＞T多態(tài)性為肝癌的風(fēng)險(xiǎn)型突變，rs223

3、2965TT基因型的個(gè)體發(fā)生肝癌的概率是rs2232965CC基因型的個(gè)體的2.371倍;rs281230G＞A多態(tài)性為肝癌的保護(hù)型突變，rs281230AA基因型的個(gè)體發(fā)生肝癌的概率是rs281230GG基因型的個(gè)體的0.577倍;rs7820850C＞T多態(tài)性為肝癌的保護(hù)型突變，rs7820850TT和TC基因型的個(gè)體發(fā)生肝癌的概率是rs7820850CC基因型的個(gè)體的0.683倍。這四個(gè)與肝癌易感性有顯著關(guān)聯(lián)的功能性SNP，極有可

4、能是通過(guò)影響JunD結(jié)合而發(fā)揮作用的。
　　接下來(lái)在組織樣本中探索這四個(gè)SNP經(jīng)由JunD介導(dǎo)調(diào)控的下游靶基因，發(fā)現(xiàn)在正常組織中rs7820850基因型與PVT1表達(dá)量最有可能有關(guān)聯(lián)，所以將rs7820850作為下一步深入研究機(jī)制的對(duì)象。然后通過(guò)電泳遷移率變動(dòng)分析實(shí)驗(yàn)在三種細(xì)胞系中證實(shí)JunD與rs7820850C基因型結(jié)合比與T基因型結(jié)合強(qiáng)得多。由于rs7820850位于c-Myc與PVT1之間基因沙漠區(qū)域，所以通過(guò)染色體捕獲構(gòu)