個體體細胞突變的等位基因頻率揭示癌癥相關(guān)基因特征.pdf

1、近年來，得益于癌癥基因組測序和相關(guān)分析技術(shù)的快速發(fā)展，越來越多的癌癥相關(guān)基因特征被發(fā)現(xiàn)，比如驅(qū)動基因和乘客基因、原癌基因和抑癌基因。然而，現(xiàn)有的基于群體統(tǒng)計學(xué)的分析方法，不僅需要耗費巨大的人力物力，而且忽略了癌癥個體間的異質(zhì)性，也無法區(qū)分不符合分類規(guī)則的基因。本研究中，我們首次提出利用個體體細胞突變的等位基因頻率揭示癌癥相關(guān)基因特征。我們收集了50對微衛(wèi)星穩(wěn)定的原發(fā)結(jié)直腸癌樣本，找出了5個驅(qū)動基因（TP53，APC，KRAS，SMAD4

2、，PIK3CA），根據(jù)其等位基因頻率推算的突變發(fā)生時間順序與先前研究結(jié)果幾乎一致?？紤]到不同病人可能攜帶不同的驅(qū)動基因，我們結(jié)合基因的等位基因頻率和COSMIC數(shù)據(jù)庫找到了另外542個癌癥相關(guān)基因，作為潛在驅(qū)動基因。通過比較發(fā)現(xiàn)，驅(qū)動基因和潛在驅(qū)動基因的等位基因頻率均顯著高于乘客基因的等位基因頻率，說明存在一些等位基因頻率較高、但未被鑒定為驅(qū)動基因的基因，也參與了結(jié)直腸癌的發(fā)生發(fā)展。此外，原癌基因的等位基因頻率顯著低于抑癌基因的等位基因