我國(guó)羅非魚主要引進(jìn)種的遺傳分析及分子標(biāo)記研究.pdf

1、羅非魚(Tilapia)隸屬于硬骨魚類綱(Osteichthyes)、鱸形目(Perciformes)、鱸形亞目(Percoidei)、麗魚科(Cichlidae)，約有700種(陳素芝，1992；林振亮，2004)。由于羅非魚具有生長(zhǎng)快、繁殖力強(qiáng)、食性雜、病害少、抗病力強(qiáng)、適應(yīng)性強(qiáng)等特點(diǎn)，已經(jīng)成為我國(guó)南方大部分地區(qū)和北方地?zé)豳Y源豐富地區(qū)的重要養(yǎng)殖品種。但近年來(lái)，由于遺傳漸滲、近親繁育等原因，引起羅非魚品種混雜和種質(zhì)退化，造成生長(zhǎng)速度降

2、低、體色變雜、性成熟提早。 本研究以羅非魚為研究對(duì)象，利用隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)DNA(RandomamplifiedpolymorphicDNA，RAPD)和線粒體基因序列分析(DNASequencing)技術(shù)，分別檢測(cè)了核基因(Nucleargene)和核外基因(Extranucleargene)的遺傳變異，從三個(gè)層面(種內(nèi)遺傳變異、種間親緣關(guān)系和不同屬間的分類地位)逐層進(jìn)行深入探討，以期為羅非魚品種混雜和種質(zhì)退化問(wèn)題的解決提供理論依

3、據(jù)。研究主要包括以下部分： 一.羅非魚線粒體DNA基因序列分析 通過(guò)PCR擴(kuò)增出羅非魚線粒體12SrRNA、16SrRNA、Cytb和D-Loop基因部分序列，純化后直接測(cè)序。利用多個(gè)生物軟件對(duì)序列變異和堿基組成進(jìn)行分析，計(jì)算Kimura2-parameter遺傳距離、平均核苷酸差異數(shù)、平均位點(diǎn)核苷酸替代數(shù)等遺傳信息指數(shù)，并構(gòu)建UPGMA和NJ系統(tǒng)樹。結(jié)果表明：(1)線粒體測(cè)序技術(shù)鑒定出五種單倍型：(a)紅羅非魚單倍型，

4、(b)荷那龍羅非魚單倍型，(c)莫桑比克母系單倍型(莫桑比克羅非魚—莫荷羅非魚)，(d)尼羅羅非魚母系單倍型(尼羅羅非魚—奧尼羅非魚)，(e)奧利亞羅非魚單倍型。(2)線粒體基因聯(lián)合構(gòu)建的UPGMA和NJ系統(tǒng)樹中，紅羅非魚與荷那龍羅非魚首先聚在一起，然后與莫桑比克母系形成姐妹支，然后與尼羅羅非魚母系聚類；奧利亞羅非魚位于系統(tǒng)樹的底部。(3)將本實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)與GenBank其它羅非魚共同構(gòu)建分UPGMA和NJ系統(tǒng)進(jìn)化樹，羅非魚分為Oreoch

5、romis、Sarotherodon、Tilapia三屬，Oreochromis、Sarotherodon兩屬有著共同的起源，支持Trewavas基于形態(tài)學(xué)的觀點(diǎn)。 二.羅非魚隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)DNA(RAPD)分析 本實(shí)驗(yàn)對(duì)192個(gè)羅非魚個(gè)體的隨機(jī)擴(kuò)增DNA多態(tài)性進(jìn)行分析。從60條引物中篩選出10條擴(kuò)增效果穩(wěn)定的引物進(jìn)行RAPD擴(kuò)增，一共檢測(cè)出147個(gè)位點(diǎn)，羅非魚位點(diǎn)多態(tài)率分布于9.52％-39.46％之間，平均為26.45

6、％。通過(guò)軟件統(tǒng)計(jì)多態(tài)位點(diǎn)比率、基因多樣性、Shannon指數(shù)、遺傳分化指數(shù)、遺傳相似度、遺傳距離等遺傳參數(shù)，并構(gòu)建UPGMA系統(tǒng)進(jìn)化樹。結(jié)果表明：(1)引物S257，S183擴(kuò)增出用于區(qū)分尼羅羅非魚(吉富)與奧尼羅非魚的特異RAPD條帶，引物S167擴(kuò)增的RAPD特異條帶可以用于區(qū)分莫桑比克羅非魚和莫荷羅非魚。(2)羅非魚多態(tài)位點(diǎn)比率，基因多樣性，Shannon指數(shù)三組數(shù)據(jù)變化趨勢(shì)基本一致：其中奧利亞羅非魚的遺傳多樣性最低，奧尼羅非魚、