兩種真核模式生物核小體定位研究.pdf_第1頁(yè)
已閱讀1頁(yè),還剩121頁(yè)未讀, 繼續(xù)免費(fèi)閱讀

下載本文檔

版權(quán)說(shuō)明:本文檔由用戶(hù)提供并上傳,收益歸屬內(nèi)容提供方,若內(nèi)容存在侵權(quán),請(qǐng)進(jìn)行舉報(bào)或認(rèn)領(lǐng)

文檔簡(jiǎn)介

1、本文由三部分組成,主要研究了酵母和果蠅核小體定位問(wèn)題。在第一部分中,根據(jù)現(xiàn)有酵母核小體定位數(shù)據(jù)間普遍存在著不一致性,推斷出核小體在活體細(xì)胞內(nèi)是動(dòng)態(tài)分布的。計(jì)算分析進(jìn)一步表明,核小體在基因組范圍內(nèi)的動(dòng)態(tài)變化規(guī)律主要體現(xiàn)在基因的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)(TSS)周?chē)1疚耐ㄟ^(guò)引入邏輯運(yùn)算成功提取了獨(dú)立核小體定位實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)集間的一致性和差異性,發(fā)現(xiàn)并驗(yàn)證了酵母基因組中主要存在著兩種形式的核小體分布:動(dòng)態(tài)核小體和穩(wěn)定核小體。在此基礎(chǔ)上,對(duì)基因的主要轉(zhuǎn)錄屬性和

2、核小體分布特征進(jìn)行了相關(guān)分析和聚類(lèi),得出了動(dòng)態(tài)核小體并不對(duì)轉(zhuǎn)錄構(gòu)成障礙這一重要結(jié)論。定量分析表明,在基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)下游的+1核小體內(nèi)存在一個(gè)調(diào)控敏感位點(diǎn),喻示著酵母在進(jìn)化中對(duì)染色質(zhì)環(huán)境做了優(yōu)化。其次,在觀(guān)察有、無(wú)TATA盒基因上的兩種核小體分布時(shí),發(fā)現(xiàn)二者存在著明顯差異。最后根據(jù)熱沖擊后核小體位置變化,發(fā)現(xiàn)了兩種核小體滑動(dòng)模式。綜合以上結(jié)論,本文提出酵母基因組在適應(yīng)環(huán)境過(guò)程中,同時(shí)在‘硬'遺傳物質(zhì)和‘軟'遺傳物質(zhì)兩個(gè)方面進(jìn)行了協(xié)同進(jìn)化

3、。
   在第二部分中,本文對(duì)果蠅胚胎期核小體定位做了全面研究。觀(guān)察到果蠅胚胎期不同表達(dá)模式基因上的核小體在占據(jù)方式上存在著顯著差異,并且這種差異與基因表達(dá)程度相關(guān)。統(tǒng)計(jì)分析揭示了不同屬性基因上核小體分布差異與+1核小體位置無(wú)關(guān),而是取決于+1和+2核小體之間的連接DNA長(zhǎng)度。通過(guò)比較表達(dá)基因與沉默基因上RNA聚合酶Ⅱ的濃度變化,揭示了聚合酶Ⅱ在表達(dá)基因的核小體定位中起到了關(guān)鍵作用。此外,在研究含組蛋白變異體的核小體分布時(shí),觀(guān)察

4、到兩類(lèi)基因的H2A.Z核小體占據(jù)強(qiáng)度也存在著顯著差異,因而從另一個(gè)角度提供了聚合酶Ⅱ?qū)诵◇w定位有著重要影響的佐證。據(jù)此,本文建立了一個(gè)代表兩類(lèi)基因上核小體定位分布的解釋模型。根據(jù)果蠅胚胎期表達(dá)基因與沉默基因在DNA彎曲能力、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)(TFBS)分布以及DNA與核小體親和性上存在的差異,本文認(rèn)為果蠅在‘硬'遺傳方面同樣留下了進(jìn)化印跡(footprint)。最后本文引入Lasso算法對(duì)果蠅核小體定位成因進(jìn)行了回歸分析。
  

5、 在第三部分中,本文對(duì)酵母和果蠅的核小體定位及相關(guān)因素作了跨物種間的橫向比較。內(nèi)容不僅包括了兩個(gè)物種中不同性質(zhì)核小體的分布特征,而且還包括了它們各自的DNA物理特性、聚合酶Ⅱ以及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的分布。分析結(jié)果表明,核小體定位在物種間既有廣泛的保守性,又有顯著的差異性,而這種差異主要體現(xiàn)在生物進(jìn)化程度與核小體定位復(fù)雜程度是高度相關(guān)的。最后通過(guò)總結(jié)兩個(gè)物種間核小體定位的相似性,本文從全新角度提出了一個(gè)代表真核生物共性的通用核小體組裝模型

溫馨提示

  • 1. 本站所有資源如無(wú)特殊說(shuō)明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請(qǐng)下載最新的WinRAR軟件解壓。
  • 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請(qǐng)聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶(hù)所有。
  • 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網(wǎng)頁(yè)內(nèi)容里面會(huì)有圖紙預(yù)覽,若沒(méi)有圖紙預(yù)覽就沒(méi)有圖紙。
  • 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
  • 5. 眾賞文庫(kù)僅提供信息存儲(chǔ)空間,僅對(duì)用戶(hù)上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護(hù)處理,對(duì)用戶(hù)上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯,并不能對(duì)任何下載內(nèi)容負(fù)責(zé)。
  • 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當(dāng)內(nèi)容,請(qǐng)與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
  • 7. 本站不保證下載資源的準(zhǔn)確性、安全性和完整性, 同時(shí)也不承擔(dān)用戶(hù)因使用這些下載資源對(duì)自己和他人造成任何形式的傷害或損失。

評(píng)論

0/150

提交評(píng)論