基于組件的生物信息分析系統(tǒng)框架的研究與實現(xiàn).pdf

1、作為生物信息數(shù)據(jù)庫的重要組成部分,生物信息分析系統(tǒng)的構(gòu)建是當前生物信息學中的一個重要研究課題.隨著生物信息學的發(fā)展,生物信息工具軟件越來越多,很多可以免費獲取,有的甚至提供源代碼.但是這些軟件大多數(shù)只能在本地使用,不適合在網(wǎng)絡(luò)上應用,而且其運行環(huán)境、實現(xiàn)語言各不相同,這些因素極大地限制了它們在生物信息分析系統(tǒng)開發(fā)中的運用.基于組件的生物信息分析系統(tǒng)框架CBASF是一個以復用思想為指導,利用組件、XML、Web服務等技術(shù),快速構(gòu)建生物信息

2、分析系統(tǒng)的框架模型.首先利用包裝技術(shù)實現(xiàn)對現(xiàn)存生物信息工具軟件的組件化復用,然后利用Web Services相關(guān)技術(shù)集成和部署各個組件化的工具軟件,以Web服務的形式發(fā)布其功能.CBASF針對現(xiàn)存工具軟件的不同特點提出了兩種組件化包裝方法,以組件的形式實現(xiàn)對現(xiàn)存工具軟件功能的復用.一種是動態(tài)連接式包裝方法,首先對工具軟件源碼進行分析、挖掘,以其核心代碼段構(gòu)建動態(tài)連接庫,然后構(gòu)建相應的包裝器實現(xiàn)對其分析功能的復用.另一種是外掛式包裝法,在

3、工具軟件外部構(gòu)造包裝器,通過對其運行時的輸入信息和輸出信息進行控制和分析,實現(xiàn)對其分析功能的復用.這兩種包裝方法能夠適用于多種平臺下運行、多種語言實現(xiàn)的生物信息工具軟件.CBASF在集成和部署各個組件化的工具軟件時,使用WSDL定義其功能接口和訪問節(jié)點,以符合XML規(guī)范的SOAP消息傳遞參數(shù)和返回結(jié)果.這使得該框架具有松散耦合的系統(tǒng)結(jié)構(gòu)和良好的可擴展性,可以很容易的添加新的分析處理功能或以新版的軟件替換現(xiàn)有工具軟件實現(xiàn)功能的升級.并且組