基于序列信息識(shí)別蛋白質(zhì)中鈣離子結(jié)合殘基.pdf

1、在許多重要的生命活動(dòng)中，蛋白質(zhì)功能的實(shí)現(xiàn)需要通過(guò)與配體相結(jié)合，鈣離子就是一種重要的蛋白質(zhì)結(jié)合配體。因此，識(shí)別蛋白質(zhì)中的鈣離子結(jié)合殘基會(huì)對(duì)蛋白質(zhì)功能的研究和藥物開發(fā)提供重要的幫助。雖然利用實(shí)驗(yàn)手段測(cè)定蛋白質(zhì)中鈣離子結(jié)合殘基的準(zhǔn)確性很高，但是其時(shí)間和經(jīng)濟(jì)成本高昂。因此，通過(guò)理論計(jì)算的方法對(duì)大量蛋白質(zhì)中鈣離子結(jié)合殘基進(jìn)行高效率識(shí)別是目前研究蛋白質(zhì)功能的重要手段之一。
　　本文基于序列信息識(shí)別蛋白質(zhì)中鈣離子結(jié)合殘基，主要工作如下：

2、　　(1)建立了新的鈣離子結(jié)合蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集，包含277條序列相似性小于30％，分辨率小于3?的鈣離子結(jié)合蛋白質(zhì)鏈，共包含1801個(gè)鈣離子結(jié)合殘基。使用“滑動(dòng)窗口”截取固定長(zhǎng)度的序列片段，通過(guò)對(duì)不同長(zhǎng)度序列片段識(shí)別結(jié)果的統(tǒng)計(jì)分析，最終確定以17個(gè)氨基酸殘基為片段長(zhǎng)度。
　　(2)依據(jù)鈣離子結(jié)合殘基生物學(xué)背景，對(duì)鈣離子結(jié)合殘基片段和非鈣離子結(jié)合殘基片段進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析和殘基理化特性研究，選取離散增量算法、矩陣打分算法和支持向量機(jī)算法對(duì)數(shù)據(jù)

3、集set1中鈣離子結(jié)合殘基進(jìn)行識(shí)別，其中基于離散增量值、矩陣打分值和自交叉協(xié)方差值的支持向量機(jī)算法獲得最佳識(shí)別結(jié)果，使用五交叉檢驗(yàn)，識(shí)別精度為75.0%，馬氏相關(guān)系數(shù)為0.50。
　　(3)本文使用融合參數(shù)的支持向量機(jī)算法對(duì)鈣離子結(jié)合殘基進(jìn)行了識(shí)別，并引入新的特征參數(shù)：中心模體。通過(guò)逐一向支持向量機(jī)中添加特征參數(shù)，分析了不同參數(shù)組合對(duì)算法識(shí)別能力的影響。同時(shí)為了進(jìn)一步驗(yàn)證本文識(shí)別算法的普適性，本文整理了前人的鈣離子結(jié)合殘基數(shù)據(jù)集(