利用少量核苷酸片斷識別細(xì)菌群落中的細(xì)菌.pdf

1、本文我們利用數(shù)學(xué)模型研究了細(xì)菌的分類和識別。其工作主要是對上海交通大學(xué)生物系趙立平教授的環(huán)境基因組學(xué)研究小組提出的從基因短片斷判斷微生物群落中的細(xì)菌種群的構(gòu)成情況進行研究。在本文中，我們利用K=2和K=3的短串的相對冗余度來反映DNA序列的物種特異性。進一步地，利用這一方法我們分析了現(xiàn)有已經(jīng)測序的全部真細(xì)菌和古細(xì)菌的完全基因組，以其建立參考數(shù)據(jù)庫。在此基礎(chǔ)上，對從細(xì)菌群落中提取的DNA序列片斷，提出了一種分析和識別它們的起源的方法。

2、 本文的另一個工作的目標(biāo)是細(xì)菌基因組中的重復(fù)序列，特別是某些科、屬的細(xì)菌從環(huán)境中攝取同類DNA片斷時所依據(jù)的信號序列。利用生物信息學(xué)的方法，我們分析了Neisseria屬的4個細(xì)菌基因組和Pasteurellaceae科的5個細(xì)菌基因組中DUSS(DNAuptakesignalsequences)出現(xiàn)的分布狀況，并由此給出了一種關(guān)于DUSS進化的機制的看法。 本文的工作主要包括下面幾個方面：1.利用雙核苷酸和三核苷酸的相對冗

3、余率，計算了現(xiàn)有的152個已經(jīng)測序的微生物的164個基因組序列的某種profile，并分析它們的差異。 2.對每一個微生物的完全基因組序列，通過分析了它們每一個長500bp的子串的2-profile和3-profile的變化來分析這些基因組序列的組份和組成偏好的變化。3.定義了短序列和完全基因組之間的距離，利用這個定義，利用短序列和完全基因組之間的距離提出了一種分析和識別從細(xì)菌群落中提取的DNA序列片斷的起源的方法。 4