浙江省地方豬群體遺傳結(jié)構(gòu)研究.pdf

1、浙江省地處中國(guó)東南部，擁有豐富的豬種資源。這些浙江省地方豬種雖然生長(zhǎng)速度慢，飼料轉(zhuǎn)化率低，但是繁殖力高、抗病力強(qiáng)、性早熟而且肉質(zhì)鮮美。根據(jù)2011版的《中國(guó)畜禽遺傳資源志·豬志》的報(bào)道，浙江省地方豬種包括碧湖豬、淳安花豬、岔路黑豬、金華兩頭烏、嘉興黑豬、嵊縣花豬以及蘭溪花豬，對(duì)于這些群體的劃分主要依賴(lài)于表型而缺乏分子層面上的研究。迄今為止，國(guó)內(nèi)外科學(xué)家對(duì)浙江省地方豬的研究只有關(guān)于金華兩頭烏的報(bào)道，而對(duì)其他地方品種的研究還停留在利用微衛(wèi)星

2、分子標(biāo)記的水平上。在全基因組層面上對(duì)所有浙江省地方豬種進(jìn)行遺傳變異研究尚未見(jiàn)報(bào)道。同時(shí)，為了提高瘦肉率，不少豬場(chǎng)無(wú)節(jié)制的引入外來(lái)品種卻缺乏有效的保種措施，有些寶貴的地方品種已經(jīng)處于滅絕邊緣。因此，在分子層面上進(jìn)一步深刻揭示浙江省地方豬種遺傳水平，進(jìn)而有效保護(hù)品種已經(jīng)刻不容緩。隨著第二代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，低成本、高覆蓋的高通量測(cè)序應(yīng)用越來(lái)越普遍，從而使得從全基因組層面上研究地方豬種成為可能。因此本實(shí)驗(yàn)的主要研究目的是利用GGRS簡(jiǎn)化基因組測(cè)

3、序技術(shù)，在全基因組范圍內(nèi)對(duì)浙江省地方豬種進(jìn)行遺傳變異的檢測(cè)并通過(guò)對(duì)遺傳多樣性、群體結(jié)構(gòu)以及連鎖不平衡的分析驗(yàn)證品種劃分的合理性，同時(shí)在分子水平上更深刻的認(rèn)識(shí)這些品種，了解不同品種的分子特種，從而對(duì)今后的保種工作提供建議和依據(jù)。研究?jī)?nèi)容和結(jié)果如下:
　　(1)全基因組遺傳變異檢測(cè):本實(shí)驗(yàn)利用GGRS簡(jiǎn)化基因組測(cè)序平臺(tái)對(duì)7個(gè)浙江省地方品種共計(jì)361個(gè)樣本構(gòu)建基因組文庫(kù)并進(jìn)行全基因組遺傳變異檢測(cè)。經(jīng)過(guò)iBLUP軟件進(jìn)行基因型填補(bǔ)和質(zhì)控之

4、后，我們檢測(cè)到SNP標(biāo)記共計(jì)108603個(gè)，這些SNP在染色體上分布均勻，數(shù)量均一。通過(guò)對(duì)參考基因組進(jìn)行匹配，這些SNP標(biāo)記中有31.6％位于基因上。這些標(biāo)記在豐富中國(guó)地方豬種遺傳變異標(biāo)記數(shù)據(jù)庫(kù)的同時(shí)，也為后續(xù)分析提供了基礎(chǔ)。
　　(2)遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu)分析:本實(shí)驗(yàn)利用檢測(cè)出的遺傳變異標(biāo)記對(duì)浙江省地方豬品種的遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析。遺傳多樣性的分析主要包含了三個(gè)參數(shù)，其中期望雜合度(HE)的計(jì)算結(jié)果顯示，外國(guó)豬種HE范圍

5、介于0.389～0.395，略高于浙江省地方豬種(0.359～0.382);而等位基因豐度(AR)和標(biāo)記多態(tài)比例(PN)的計(jì)算結(jié)果表明，浙江省地方豬相比外國(guó)豬種具有較高的遺傳多樣性，其中岔路黑豬的多樣性程度最高(AR=1.97，PN=0.99)，長(zhǎng)白豬最低(AR=1.82，PN=0.84)。系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)、主成分分析和群體遺傳結(jié)構(gòu)的研究結(jié)果均表明，浙江省地方豬群體之間能夠清晰獨(dú)立聚類(lèi)，且群體之間的遺傳距離較外來(lái)豬種群體內(nèi)要更大。以上結(jié)果表明

6、，地方豬種之間的差異比外國(guó)品種之間的差異還要大，浙江省地方豬種的品種劃分在分子水平上是合理的，并且每個(gè)品種都具有自己獨(dú)特的分子特征。
　　(3)連鎖不平衡分析:連鎖不平衡衰減分析表明，浙江省地方豬種的連鎖不平衡程度比外國(guó)豬種要低，連鎖不平衡的衰減更為明顯。同時(shí)對(duì)連鎖不平衡區(qū)間的估計(jì)顯示，浙江省地方豬種的連鎖不平衡區(qū)間范圍介于188.2kb～280.6kb之間，而外國(guó)豬種的連鎖不平衡區(qū)間范圍介于680.3kb～752.8kb之間。這

7、主要和浙江省地方豬種在漫長(zhǎng)的馴化中經(jīng)歷的選擇程度較低有關(guān)。通過(guò)對(duì)群體內(nèi)連鎖不平衡程度的估計(jì)，為我們對(duì)今后的分析和保種工作提供了寶貴依據(jù)。
　　總結(jié):(1)本試驗(yàn)利用GGRS簡(jiǎn)化基因組技術(shù)，首次在分子層面上揭示了浙江省七個(gè)地方豬種的遺傳變異水平，獲得高密度的SNP標(biāo)記，并且為這些SNPs功能進(jìn)行了初步預(yù)測(cè)，為建立中國(guó)地方豬種質(zhì)資源遺傳變異數(shù)據(jù)庫(kù)提供了基礎(chǔ)，也為后續(xù)的分析提供了依據(jù)。
　　(2)本試驗(yàn)利用高密度SNP標(biāo)記，首次對(duì)