江蘇口岸鼠類(lèi)監(jiān)測(cè)與重點(diǎn)鼠類(lèi)mtDNA-Cytb基因數(shù)據(jù)庫(kù)的建立.pdf

1、目的:監(jiān)測(cè)江蘇口岸本底鼠類(lèi)的種類(lèi)及其病原體攜帶情況，建立一套重要鼠類(lèi)的mtDNA-Cytb基因數(shù)據(jù)庫(kù)。
　　方法:2014年5月~2015年4月，在江蘇17個(gè)口岸采用夾夜法捕獲本底鼠樣；首先通過(guò)形態(tài)特征鑒定捕獲的鼠樣，在生物安全柜中解剖鼠樣取其肝臟與肺臟，分別提取鼠類(lèi)肝臟的DNA模板與肺臟的RNA模板；通過(guò)PCR擴(kuò)增和測(cè)序，測(cè)定鼠類(lèi)的Cytb基因序列，通過(guò)BLAST與NCBI的基因數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，以同源性最高為分子鑒定結(jié)果。通過(guò)熒光P

2、CR篩查捕獲鼠樣中的鼠疫桿菌和漢坦病毒感染情況，對(duì)陽(yáng)性結(jié)果再進(jìn)行測(cè)序驗(yàn)證與分型。最后將江蘇各口岸代表性鼠樣的Cytb基因序列信息與各口岸的地理分布信息結(jié)合，構(gòu)建江蘇口岸本底鼠類(lèi)的基因特征數(shù)據(jù)庫(kù)，建立Cytb基因的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。
　　結(jié)果:共采集鼠樣418份，其中褐家鼠231只、黃胸鼠38只、小家鼠99只、黑線姬鼠44只和大麝鼩6只，其形態(tài)鑒定結(jié)果與分子鑒定結(jié)果完全一致。全部鼠樣中鼠疫桿菌的熒光PCR檢測(cè)均為陰性，而漢坦病毒的熒光PC

3、R檢測(cè)有18例陽(yáng)性，陽(yáng)性率4.31％，其中15例為漢城型（SEO），其宿主均為來(lái)源于連云港口岸的褐家鼠；其余3例為漢灘型（HTN），其宿主均為來(lái)源于南京龍?zhí)陡鄣暮诰€姬鼠。通過(guò)對(duì)各口岸的重要鼠種進(jìn)行測(cè)序，構(gòu)建成涵蓋17個(gè)口岸的本底鼠類(lèi)Cytb基因特征數(shù)據(jù)庫(kù)，其中南通、揚(yáng)州、南京、張家港、無(wú)錫、連云港、淮安有黑線姬鼠的地理代表種；南京、張家港、鎮(zhèn)江、江陰、常州、泰州、常熟、宿遷有小家鼠的地理代表種；無(wú)錫、連云港、宿遷、太倉(cāng)有褐家鼠的地理代表

4、種；揚(yáng)州、南京、張家港、泰州、太倉(cāng)、吳江、昆山、蘇州有黃胸鼠的地理代表種。通過(guò)基因特征數(shù)據(jù)建立的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)能清楚的分辨各種鼠類(lèi)，5種鼠種分別與參考鼠種的基因聚在一起，形成獨(dú)立的5個(gè)類(lèi)群。
　　結(jié)論:江蘇口岸仍以黃胸鼠、褐家屬、小家屬和黑線姬鼠4中種鼠類(lèi)為常見(jiàn)種，偶見(jiàn)大麝鼩，未見(jiàn)其他鼠類(lèi)。基于鼠類(lèi)Cytb基因序列信息的的分子鑒定方法準(zhǔn)確率高，與本次常見(jiàn)鼠種的形態(tài)鑒定結(jié)達(dá)到100%的一致，可滿足口岸鼠類(lèi)鑒定工作的實(shí)際需求。在江蘇口岸本