茶基因數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建研究.pdf

1、茶含有多種對(duì)人體有益的化學(xué)成分，能夠防癌、降血脂、抗衰老等，茶已經(jīng)是世界三大飲料（咖啡、茶、可可）之一，具有很大的經(jīng)濟(jì)價(jià)值，對(duì)茶葉的深入研究很有必要。目前對(duì)茶樹(shù)基因組的測(cè)序已經(jīng)有多個(gè)單位在進(jìn)行，并且積累了大量的數(shù)據(jù)。從物種基因數(shù)據(jù)發(fā)展的歷史經(jīng)驗(yàn)看，隨著物種基因組測(cè)序計(jì)劃的展開(kāi)，相應(yīng)的基因數(shù)據(jù)庫(kù)和網(wǎng)站就會(huì)建立起來(lái)，但檢索和研究發(fā)現(xiàn)，世界上依然沒(méi)有專門(mén)的茶樹(shù)基因數(shù)據(jù)庫(kù)和網(wǎng)站，提供序列管理、分析服務(wù)。因此，茶樹(shù)基因數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建具有重要的現(xiàn)實(shí)意

2、義。本文對(duì)前期采樣測(cè)序所得數(shù)據(jù)及搜集的茶樹(shù)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析注釋整理，使用LAMP架構(gòu)進(jìn)行茶樹(shù)基因數(shù)據(jù)庫(kù)的開(kāi)發(fā)，提供了茶樹(shù)基因及其注釋數(shù)據(jù)的下載、貴州古茶樹(shù)SSR位點(diǎn)查詢、茶樹(shù)基因數(shù)據(jù)可視化等功能。
　　本研究主要內(nèi)容包括：⑴采集貴州古茶樹(shù)樣本，進(jìn)行RNA提取及測(cè)序等；⑵對(duì)獲得的貴州古茶樹(shù)樣本數(shù)據(jù)，進(jìn)行數(shù)據(jù)分析、整合、注釋等，對(duì)貴州古茶樹(shù)樣本進(jìn)行SSR位點(diǎn)信息的分析；⑶收集整理NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中的茶樹(shù)基因資源；⑷構(gòu)建茶基因數(shù)據(jù)庫(kù)。茶樹(shù)基因