蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)庫構(gòu)建研究.pdf

1、蛋白質(zhì)芯片是一項強大的蛋白質(zhì)組學(xué)研究技術(shù)，過去十幾年中，該技術(shù)已被廣泛地用于基礎(chǔ)研究和臨床研究。到目前為止已累計了大量的原始芯片實驗數(shù)據(jù)，仍缺乏一個專門為蛋白質(zhì)芯片量身打造的數(shù)據(jù)庫，絕大部分蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)仍零散存儲在眾多的研究組，不能有效地共享以進一步發(fā)揮數(shù)據(jù)的價值。針對這一問題，我們構(gòu)建了一個蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)庫（PMD:Proteome Microarray Database）（www.proteinmicroarray.cn），作為專

2、門儲存和分享蛋白質(zhì)芯片原始數(shù)據(jù)的公共數(shù)據(jù)庫平臺。
　　PMD現(xiàn)在已經(jīng)收錄的蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)來自多種不同的芯片類型，如蛋白質(zhì)組芯片、抗體芯片和凝集素芯片等。在該數(shù)據(jù)庫中，用戶可以瀏覽和搜索蛋白質(zhì)芯片相關(guān)數(shù)據(jù)和信息，為了提高數(shù)據(jù)庫使用效率，我們提供多因子搜索功能，如實驗名稱、芯片類型名稱等。另外，為了方便那些對蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)感興趣的用戶挖掘數(shù)據(jù)信息，PMD還整合了多個關(guān)鍵的生物芯片和蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析工具，提供了一個自動化的數(shù)據(jù)分析接口，

3、用戶只需上傳原始數(shù)據(jù)并定義相關(guān)分類和信息，提交后，PMD將自動完成分析并生產(chǎn)完整的分析報告待用戶下載。完整的分析報告包括數(shù)據(jù)標準化結(jié)果、差異信號點篩選結(jié)果、聚類和注釋結(jié)果等。且蛋白質(zhì)芯片相關(guān)的高影響文章也將被及時地收錄在PMD中，并按照嚴格的分類進行儲存和展示。
　　據(jù)我們所知，PMD是首個專門儲存和分享蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)的公共平臺。在該在線數(shù)據(jù)庫中，用戶可“一站式”獲取蛋白質(zhì)芯片實驗的數(shù)據(jù)和相關(guān)信息，具體包括原始芯片數(shù)據(jù)、芯片信息和