雙線性分析與聯(lián)合假設(shè)檢驗在基因分析中的應(yīng)用.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、microRNA簡稱miRNA，是一類長約22核苷酸(nt)的非編碼的單鏈RNA分子，由約70nt的前體miRNA(pre-miRNA)經(jīng)Dicer酶剪切而來。miRNA參與生命過程中一系列的重要進程，包括發(fā)育、造血、器官形成、凋亡和細胞增殖，甚至是癌癥發(fā)生。目前人類基因組中已確認的miRNA約500個，其中至少有200多種miRNA序列與癌癥發(fā)生有關(guān)。RNA干擾作為近年來的重大科學(xué)發(fā)現(xiàn)，如今對于這種起抑制蛋白合成作用小分子RNA的研究

2、已成為分子生物學(xué)領(lǐng)域的熱門。從研究利用RNA干擾技術(shù)來阻滯癌癥等疾病開始，越來越多的線索表明miRNA與癌癥之間存在著密切的關(guān)系。
　　聯(lián)合假設(shè)檢驗(Integrative Hypothesis Test，IHT)和雙線性分析(Bilinear Analysis)近來被提出用于研究假設(shè)檢驗，分類和特征選擇。雙線性分析基于多元判別分析，將原有的基于向量的判別分析推廣到基于矩陣的判別分析。本文除了將IHT用于識別miRNA在肺癌和慢性

3、阻塞性肺病Chronic Obstructive Pulmonary Disease（COPD）上的差異表達之外還提出一種基于bootstrapping的方法來改進IHT給出的來源于小樣本和缺失值問題，并提高基因排名的可靠性。我們在GEO公開肺癌數(shù)據(jù)集GSE24709的實驗中，已經(jīng)被報道過的14個差異表達miRNA在單個基因分析的枚舉結(jié)果中重新得到了確認。除肺癌數(shù)據(jù)集之外，還利用同時具有癌和癌旁數(shù)據(jù)集GSE6857肝癌數(shù)據(jù)集對雙線性分析

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