LncRNA-基因調控關系的生物信息學數據庫構建及分析預測.pdf

1、作為生物大分子的新成員，長非編碼RNA(lncRNA)在許多生物過程中發(fā)揮重要作用。隨著lncRNA研究不斷深入，lncRNA相關研究數據呈井噴之勢。為了更好地利用這些信息，生物信息學數據庫應運而生?，F有數據庫覆蓋了lncRNA結構信息、表達信息以及相互作用信息，這些數據庫在lncRNA相關研究中起到重要作用。此外，這些數據庫還為利用機器學習方法進行l(wèi)ncRNA相關預測提供了數據集。
　　隨著研究不斷深入，人們發(fā)現lncRNA在細

2、胞功能調控中發(fā)揮重要作用。但是目前還沒有系統(tǒng)收集lncRNA-基因調控關系的數據庫，使得獲取lncRNA調控信息十分不便。為了解決該問題，本文收集整理了實驗驗證的lncRNA-基因調控關系數據。具體而言，首先深入分析lncRNA-基因調控關系數據的特點，制定lncRNA-基因調控關系數據規(guī)范。通過摘要初篩以及全文分析，人工收集整理得到完整的lncRNA和基因調控關系信息。本文系統(tǒng)地整理了lncRNA功能研究領域的實驗研究成果，為利用生物

3、信息學方法預測lncRNA-基因調控關系提供了先驗數據。
　　為了存儲這些lncRNA-基因調控關系信息，本文還建立了名為LncReg的生物信息學數據庫(http://bioinformatics.ustc.edu.cn/lncreg/)。LncReg是專門設計用來存儲調控關系信息的數據庫，包含詳細調控關系和調控機制等綜合分類信息。與現有數據庫相比，LncReg在數據結構方面更適合存儲lncRNA-基因調控關系，在數據集方面包含更

4、全面、詳細的調控信息。
　　基于LncReg收錄的調控關系數據，本文重建了lncRNA-基因調控網絡，并對該網絡進行拓撲結構分析、基于KEGG信號通路的分析和基于Gene Ontobgy的功能分析等工作。拓撲結構分析表明lncRNA-基因調控網絡符合典型生物網絡特征，功能分析表明lncRNA-基因調控關系集中分布在細胞周期、組織發(fā)育以及疾病發(fā)生等之中。
　　最后本文提出一種預測潛在lncRNA-基因調控關系的方法LRGP。該