基于Gridsphere的蛋白質(zhì)插入-缺失及其側(cè)翼區(qū)域數(shù)據(jù)庫的設(shè)計與實現(xiàn).pdf

1、生物信息學(xué)是20世紀(jì)末隨著生物技術(shù)的提高和生物學(xué)數(shù)據(jù)的積累而發(fā)展起來的一個新的領(lǐng)域,是一門利用計算機工具和技術(shù)對生物系統(tǒng)的問題和規(guī)律進行研究的學(xué)科。目前,生物信息學(xué)主要體現(xiàn)在分子生物學(xué)與信息技術(shù)的結(jié)合,其研究重點主要體現(xiàn)在基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)兩方面。伴隨著自然界和物種的進化過程,作為生命基本物質(zhì)的蛋白質(zhì)也處于不斷的進化中,插入/缺失(Indel)是最普遍的蛋白質(zhì)序列變異的方式之一。近來的研究顯示,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中出現(xiàn)的插入/缺失能夠?qū)ζ鋫?cè)翼

2、鄰近區(qū)域產(chǎn)生影響,這一現(xiàn)象可能在分子進化中具有重要的作用,因此,蛋白質(zhì)的插入/缺失已經(jīng)成為分子生物領(lǐng)域的重要研究對象。
　　基于Gridsphere創(chuàng)建的蛋白質(zhì)插入/缺失及其側(cè)翼區(qū)域數(shù)據(jù)庫(簡稱IndelFR,http://indel.bioinfo.sdu.edu.cn)是一個免費的Web資源,提供了已知蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中的Indel及其側(cè)翼區(qū)域的序列和結(jié)構(gòu)信息。這些Indel是通過蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫(SCOP)超家族中同源結(jié)構(gòu)間的

3、兩兩比對獲取的。IndelFR數(shù)據(jù)庫中包含2925017個帶有側(cè)翼區(qū)域的Indel,它們提取自1053個超家族中12573個非冗余結(jié)構(gòu)域間的373402對結(jié)構(gòu)比對。所有的結(jié)構(gòu)比對信息和Indel信息都是以文件作為最初形式并按照一定的分類規(guī)則進行保存,為了便于檢索、統(tǒng)計和分析,這些信息中的關(guān)鍵內(nèi)容被提取出來,并以數(shù)據(jù)庫的形式進行存儲。為了便于用戶訪問,本文設(shè)計和提供了使用Web方式進行數(shù)據(jù)庫檢索的功能,并提供了基本檢索、高級檢索、通用名檢

4、索、ID檢索、模糊檢索和位置檢索等多種檢索方式。此外,系統(tǒng)還包含了按照蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫中的蛋白質(zhì)分類信息進行比對和Indel瀏覽的SCOP目錄樹,Indel在線生成的功能也以Web應(yīng)用的方式集成到平臺中,系統(tǒng)還包含了一個Indel數(shù)據(jù)集的批量下載的頁面。
　　插入/缺失(Indel)是數(shù)據(jù)庫中的核心信息,通過蛋白質(zhì)插入/缺失及其側(cè)翼區(qū)域數(shù)據(jù)庫,用戶可以查詢到Indel及其側(cè)翼區(qū)域的氨基酸序列、長度、位置、二級結(jié)構(gòu)組成、親疏水性