基于GPU的多序列關(guān)聯(lián)性分析方法研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、多序列關(guān)聯(lián)性分析方法是基于多序列比對思想,分析序列間遠(yuǎn)近關(guān)系及探索序列關(guān)聯(lián)路線的一種策略。隨著序列數(shù)目的不斷增加,現(xiàn)有基于CPU的多序列關(guān)聯(lián)性分析方法已無法滿足實際應(yīng)用的需求。隨著圖形處理器(GPU)計算能力的飛速提高,GPU以其流水線工作模式和強大的并行計算能力,被廣泛應(yīng)用于解決計算密集型問題,包括提高多序列關(guān)聯(lián)性分析方法的效率。
  結(jié)合GPU強大的并行計算能力,提出并實現(xiàn)基于GPU的多序列關(guān)聯(lián)性分析方法,從三個不同角度進(jìn)行并

2、行優(yōu)化。其中對關(guān)聯(lián)性分析的算法進(jìn)行改進(jìn),通過對算法執(zhí)行過程的調(diào)整,解決算法內(nèi)部的數(shù)據(jù)依賴問題;為降低I/O負(fù)載及實現(xiàn)異步處理,提出基于GPU的數(shù)據(jù)流并行優(yōu)化策略,對輸入距離矩陣進(jìn)行數(shù)據(jù)分割,并結(jié)合異步處理模式,實現(xiàn)CPU與GPU的協(xié)同并行處理;基于GPU的指令流優(yōu)化策略實現(xiàn)對不同線程粒度的動態(tài)調(diào)用,解決在未知多序列關(guān)聯(lián)關(guān)系的情況下,線程擁塞和線程空載等問題。同時設(shè)計基于并行雙調(diào)排序的最小鏈模型,通過并行遍歷子矯正距離矩陣,將遍歷結(jié)果存入

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