MDCK細胞滲透性計算機預測模型的建立與評價.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、一、研究背景及目的
　　本課題采用MOE2011，從期刊文獻數(shù)據(jù)庫，化學信息學數(shù)據(jù)庫等收集MDCK細胞滲透性數(shù)據(jù)，計算并篩選分子描述符，進行MDCK細胞滲透性模型的建立并評價。本課題旨在建立一個穩(wěn)健、可靠的MDCK細胞滲透性模型，為藥物早期發(fā)現(xiàn)過程中篩選提供一個MDCK細胞滲透性數(shù)據(jù)評價的有力工具。
　　二、方法與結果
　　1.MDCK細胞滲透性性模型的建立
　　本章通過網(wǎng)絡進行MDCK細胞滲透性數(shù)據(jù)收集，并進行

2、格式轉(zhuǎn)換，并輸入。采用MOE2011進行分子能量優(yōu)化，分子描述符（包括2D分子描述符和3D分子描述符）的計算，并隨機劃分為訓練集和測試集。去除重復，或相關性較大的描述符，或為常量的分子描述符，后采用GA-PLA進行分子描述符的篩選，最終獲得10個分子描述符。采用MLR進行線性模型的建立。模型的均方根誤差（RMSE）為0.43207，相關系數(shù)R2為0.86628。
　　2.MDCK細胞滲透性模型的評價
　　本章采用MOE201

3、1 AutoQSAR模塊，用LOO驗證法，5折交叉驗證法，Y隨機化法，測試集驗證法，模型應用域等進行MDCK細胞滲透性模型的評價。LOO RMSE為0.52019，LOO R2為0.80768。5折交叉驗證法的RMSE為0.52019。Y隨機化法的R2與模型的R2差異顯著。測試集驗證法的相關系數(shù)q2為0.77115。
　　三、結論
　　本課題建立了MDCK細胞滲透性模型:-logPapp=-2.81270+1.03126*P

4、C+-0.01293*PEOE_VSA+1+0.41244*dipoleX+5.31619*glob-0.10999*opr_brigid+2.45322*vsurf_CW1+0.02388*vsurf_D8+1.05636*vsurf_EDmin1-0.04246*vsurf_Wp4+0.02238*SMR_VSA4。LOO驗證法，5折交叉驗證法，Y隨機化法，測試集驗證等驗證后，該模型仍穩(wěn)定可靠。說明該模型穩(wěn)健，魯棒性強。本課題為藥物

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