面向DNA-RNA化學(xué)修飾的結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)研究.pdf

1、DNA和RNA是生物體內(nèi)重要的大分子。DNA是生命體遺傳信息的主要載體;RNA經(jīng)由DNA轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生,行使多種生物學(xué)功能。天然的DNA/RNA會發(fā)生化學(xué)修飾來調(diào)控其功能,這些調(diào)控機理的闡明將有助于研發(fā)新的實驗技術(shù)和治療手段。本文分別通過結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)方法研究硫修飾對DNA螺旋穩(wěn)定性的影響以及異核苷修飾對RNA干擾結(jié)構(gòu)和功能的影響。
　　DNA骨架硫修飾是近年來發(fā)現(xiàn)的一種新的內(nèi)源化學(xué)修飾,但其結(jié)構(gòu)和功能并不清楚。本課題首先以分子力學(xué)方法

2、對手性硫修飾二核苷及未修飾二核苷做構(gòu)象搜索,并進(jìn)一步用量化方法優(yōu)化;然后測量每個局部最優(yōu)結(jié)構(gòu)的骨架結(jié)構(gòu),構(gòu)建基于骨架結(jié)構(gòu)的能量打分函數(shù);最后收集NDB數(shù)據(jù)庫中DNA的骨架結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù),利用能量打分函數(shù)評估手性硫修飾對DNA螺旋性的影響。結(jié)果表明,自然存在的R構(gòu)型硫修飾會導(dǎo)致B構(gòu)型DNA螺旋不穩(wěn)定。
　　RNA干擾技術(shù)中常用各種化學(xué)修飾方法提高雙鏈siRNA在體內(nèi)的穩(wěn)定性和藥物傳遞效率。本課題通過分子模擬的方法考察異核苷修飾對Ago蛋白