翡翠貽貝（Perna viridis）線粒體COI片段序列特性和香港巨牡蠣（Crassostrea hongkongensis）線粒體基因組全序列研究.pdf

1、中國海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文翡翠貽貝（Perna viridis）線粒體COI片段序列特性和香港巨牡蠣（Crassostrea hongkongensis）線粒體基因組全序列研究姓名：位正鵬申請學(xué)位級(jí)別：碩士專業(yè)：動(dòng)物學(xué)指導(dǎo)教師：孔曉瑜20080606翡翠貽貝線粒體C O l 序列特性和香港巨牡蠣線粒體基因組全序列研究計(jì)算了全序列的堿基組成，蛋白編碼基因，t R N A ，r R N A 以及間隔子和非編碼區(qū)的堿基組成，在全序列中A + T

2、 含量為6 5 ．4 ％，蛋白編碼基因的A + T 含量為6 4 ．6 ％，t R N A 基因的A + T 含量為6 4 ．2 ％，r R N A 基因的A + T 含量為6 0 ．5 ％，間隔子的A + T 含量為7 2 ．1 ％，主要非編碼區(qū)的A + T 含量為7 7 ．8 ％。以輕鏈核酸序列為標(biāo)準(zhǔn)計(jì)算的G C ．s k e w = - 0 ．2 0 7 ，A T - s k e w = 0 ．1 3 4 。一1 2 個(gè)蛋白編碼基

3、因，r R N A基因以及t R N A 基因均為H 鏈編碼，沒有L 鏈編碼的情況。除了t R N A ．H i s 與N D 4 蛋白編碼基因有一個(gè)堿基的重疊外，其他的基因均被t R N A 基因和間隔子間隔，間隔子從1 到2 9 4 b p 不等。分析了各基因的片段的序列特征，發(fā)現(xiàn)線粒體基因組中蛋白編碼基因存在A T G 、A T A 兩種常見的起始密碼子，C y t b 基因的起始密碼子為A T A ，和美洲牡蠣以及太平洋牡蠣的略

4、有不同。終止密碼子只有口姨和T ( 僅有N D 4 L 基因)兩種。研究t R N A 基因潛在的二級(jí)結(jié)構(gòu)發(fā)現(xiàn)氨基酸接受臂和反密碼子環(huán)在種間沒有較大變異，變異主要集中在T W C 環(huán)和臂。對(duì)線粒體基因組中各基因的進(jìn)化速率進(jìn)行了比較。結(jié)果表明，各基因進(jìn)化速率為脫氫酶亞基基因和細(xì)胞色素b 基因> A T P 酶亞基基因> 細(xì)胞色素氧化酶亞基基因> t R N A 基因> r R N A 基因。在細(xì)胞色素氧化酶基因中，

5、C O I I I 是進(jìn)化速度最快的基因，而在N A D H 中進(jìn)化最快的則是N D 2 和N D 6 基因。H e t e r o c o n c h i a 亞綱的菲律賓文蛤?yàn)橥忸惾?，研究了翼型亞綱牡蠣目牡蠣科巨牡蠣屬的香港巨牡蠣、太平洋牡蠣和美洲牡蠣與貽貝目貽貝科的紫貽貝( M ．e d u l i s ) 以及P e c t i n o i d a 目海扇蛤科扇貝屬的海灣扇貝( A r g o p e c t e ni r r

6、a d i a n s )之間的系統(tǒng)關(guān)系。采用從單一基因到多基因結(jié)合到線粒體基因組的方式對(duì)系統(tǒng)關(guān)系進(jìn)行多方位分析。用軟件p a u p 和M r B a y e s 構(gòu)建了M P 、N J 、M L 和B I 系統(tǒng)樹。在系統(tǒng)樹中，香港巨牡蠣和太平洋牡蠣首先聚為一支，且隨著基因數(shù)的增加支持率增加，用所有基因構(gòu)建系統(tǒng)樹時(shí)支持率達(dá)到1 0 0 ％。這表明了多基因相結(jié)合用作系統(tǒng)分析可以彌補(bǔ)單一基因由于功能、進(jìn)化方式等方面的限制而帶來的弊端，多基