不同品系中華鱉線粒體基因組部分序列SNP分析和種質(zhì)鑒別.pdf

1、本研究以浙江省主要養(yǎng)殖的四個(gè)品系中華鱉(太湖品系、臺(tái)灣品系、黃河品系和日本品系)為研究對(duì)象，通過對(duì)線粒體DNA部分序列進(jìn)行PCR擴(kuò)增并對(duì)產(chǎn)物進(jìn)行測序，對(duì)測序結(jié)果進(jìn)行比對(duì)分析，計(jì)算不同品系的遺傳多樣性參數(shù)以及系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系，并篩選各個(gè)品系的特異性SNP位點(diǎn)，通過對(duì)這些特異性位點(diǎn)進(jìn)行分類，用不同的SNP分型方法進(jìn)行分型，以期達(dá)到準(zhǔn)確鑒別中華鱉種質(zhì)的目的。具體結(jié)果如下：
　　(1)中華鱉遺傳多樣性和進(jìn)化關(guān)系分析
　　對(duì)不同品系中華鱉

2、(每個(gè)品系各20只)的16S rRNA全長基因約1608bp左右的片段進(jìn)行了測序比較分析，結(jié)果表明：遺傳多樣性由高到低依次為太湖品系(0.863)>臺(tái)灣品系(0.484)>黃河品系(0.195)>日本品系(0.100)；共發(fā)現(xiàn)18種單倍型，不同品系之間間均無共享單倍型，表明通過線粒體鑒別不同品系中華鱉具有可行性；MP進(jìn)化樹和遺傳距離分析均顯示日本品系和黃河品系的親緣關(guān)系較近，臺(tái)灣品系和太湖品系的親緣關(guān)系較近，分別聚為一支，推測最初引進(jìn)日

3、本的中華鱉可能起源于黃河流域。
　　(2)不同品系中華鱉線粒體特異性SNP的篩選
　　通過對(duì)不同品系中華鱉(每個(gè)品系15個(gè)個(gè)體)線粒體約14000 bp的DNA片段進(jìn)行測序?qū)Ρ群Y選，共篩選出83個(gè)特異性 SNP位點(diǎn)，包括太湖品系特異性位點(diǎn)18個(gè)，臺(tái)灣品系特異性位點(diǎn)22個(gè)，黃河品系特異性位點(diǎn)24個(gè)，日本品系特異性位點(diǎn)19個(gè)，在這些特異性位點(diǎn)中有3個(gè)特異性限制酶切位點(diǎn)。
　　(3) SNP分型和種質(zhì)鑒定
　　對(duì)篩選出

4、的3個(gè)特異性限制酶位點(diǎn)用PCR-RFLP的方法進(jìn)行分型，結(jié)果表明此方法可準(zhǔn)確鑒本研究中的4個(gè)品系中華鱉。通過設(shè)計(jì)引物進(jìn)行 PCR擴(kuò)增，對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物(含特異性 SNP位點(diǎn))進(jìn)行 HRM分型，結(jié)果表明15對(duì)引物組合可用于分型鑒定，其中1對(duì)引物可用于鑒別太湖品系，2對(duì)引物可用于鑒別臺(tái)灣品系，3對(duì)引物可用于鑒別黃河品系，1對(duì)引物可用于鑒別日本品系，3對(duì)引物可同時(shí)鑒別太湖品系和臺(tái)灣品系，1對(duì)引物可同時(shí)鑒別黃河品系和日本品系，1對(duì)引物可同時(shí)鑒別太湖品