不同品系中華鱉線粒體基因組部分序列SNP分析和種質(zhì)鑒別.pdf

1、本研究以浙江省主要養(yǎng)殖的四個品系中華鱉(太湖品系、臺灣品系、黃河品系和日本品系)為研究對象，通過對線粒體DNA部分序列進行PCR擴增并對產(chǎn)物進行測序，對測序結果進行比對分析，計算不同品系的遺傳多樣性參數(shù)以及系統(tǒng)發(fā)生關系，并篩選各個品系的特異性SNP位點，通過對這些特異性位點進行分類，用不同的SNP分型方法進行分型，以期達到準確鑒別中華鱉種質(zhì)的目的。具體結果如下：
　　(1)中華鱉遺傳多樣性和進化關系分析
　　對不同品系中華鱉

2、(每個品系各20只)的16S rRNA全長基因約1608bp左右的片段進行了測序比較分析，結果表明：遺傳多樣性由高到低依次為太湖品系(0.863)>臺灣品系(0.484)>黃河品系(0.195)>日本品系(0.100)；共發(fā)現(xiàn)18種單倍型，不同品系之間間均無共享單倍型，表明通過線粒體鑒別不同品系中華鱉具有可行性；MP進化樹和遺傳距離分析均顯示日本品系和黃河品系的親緣關系較近，臺灣品系和太湖品系的親緣關系較近，分別聚為一支，推測最初引進日

3、本的中華鱉可能起源于黃河流域。
　　(2)不同品系中華鱉線粒體特異性SNP的篩選
　　通過對不同品系中華鱉(每個品系15個個體)線粒體約14000 bp的DNA片段進行測序?qū)Ρ群Y選，共篩選出83個特異性 SNP位點，包括太湖品系特異性位點18個，臺灣品系特異性位點22個，黃河品系特異性位點24個，日本品系特異性位點19個，在這些特異性位點中有3個特異性限制酶切位點。
　　(3) SNP分型和種質(zhì)鑒定
　　對篩選出

4、的3個特異性限制酶位點用PCR-RFLP的方法進行分型，結果表明此方法可準確鑒本研究中的4個品系中華鱉。通過設計引物進行 PCR擴增，對擴增產(chǎn)物(含特異性 SNP位點)進行 HRM分型，結果表明15對引物組合可用于分型鑒定，其中1對引物可用于鑒別太湖品系，2對引物可用于鑒別臺灣品系，3對引物可用于鑒別黃河品系，1對引物可用于鑒別日本品系，3對引物可同時鑒別太湖品系和臺灣品系，1對引物可同時鑒別黃河品系和日本品系，1對引物可同時鑒別太湖品