病理性近視眼候選基因驗(yàn)證與篩查研究.pdf

1、病理性近視眼是一種具有遺傳異質(zhì)性的重要致盲性眼病,迄今未找到明確的致病基因。病程晚期以伴發(fā)的眼底后極部萎縮變性、后鞏膜葡萄腫等為特征。本研究從分子遺傳學(xué)角度,采用候選基因驗(yàn)證和全基因組掃描的方法探尋病理性近視眼的易感候選基因。
　　第一部分:病理性近視眼散發(fā)病例候選基因關(guān)聯(lián)分析研究
　　目的:旨在探討病理性近視眼病理生理相關(guān)候選基因PAX6基因、COL2Al基因及TGF-B1基因是否與病理性近視眼相關(guān)聯(lián)。
　　方法:按

2、嚴(yán)格入選標(biāo)準(zhǔn)收集187例散發(fā)病理性近視眼患者,記錄患者臨床數(shù)據(jù)包括屈光度、眼軸長(zhǎng)度及最佳矯正視力。抽取外周血5ml,提取基因組DNA。另取136位健康人作為正常對(duì)照。使用PCR技術(shù)檢測(cè)187例患者與136例對(duì)照的PAX6基因SNPs位點(diǎn)rs667773、rs3026390、rs3026393,COL2A1基因SNP位點(diǎn)rs1635529和TGF-β1基因SNP位點(diǎn)rs4803455的基因型頻率及等位基因頻率是否有差異以驗(yàn)證基因PAX6、

3、COL2A1及TGF-β1是否與病理性近視眼關(guān)聯(lián)。
　　結(jié)果:187例患者平均屈光度右眼為-17.19±5.78D,左眼為-17.03±5.56D,平均眼軸長(zhǎng)度右眼為30.09±2.52mm,左眼為30.03±2.48mm;平均最佳矯正視力IogMAR.BCVA右眼為0.52±0.37,左眼為0.50±0.39,雙眼間的臨床數(shù)據(jù)均不存在顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P＞0.05),所有患者都伴有輕度以上的雙眼眼底病變。在對(duì)PAX6基因的三個(gè)SN

4、Ps位點(diǎn)的關(guān)聯(lián)分析中,rs667773中基因型C/C、C/T、T/T頻率及等位基因C、T頻率在患者組及對(duì)照組間無(wú)顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P＞0.05),rs3026390基因型A/A、A/G、G/G頻率及等位基因A、G頻率在患者組及對(duì)照組間也不存在統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P＞0.05),同樣患者組及對(duì)照組中SNP位點(diǎn)rs3026393基因型G/G、G/T、T/T頻率及等位基因G、T頻率也均不存在統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P＞0.05)。COL2A1的SNP位點(diǎn)rsl63

5、5529上的基因型A/A、A/C、C/C頻率及等位基因A、C頻率在患者組及對(duì)照組中不存在統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P＞0.05)。TGF-Bl的SNP位點(diǎn)rs4803455基因型G/G、G/T/T/T頻率及等位基因G、T頻率在患者組及對(duì)照組間也不存在統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P＞0.05)。
　　結(jié)論:候選基因PAX6基因、COL2A1基因及TGF-β1基因與病理性近視眼的關(guān)聯(lián)性在本研究中未被證實(shí),有待于進(jìn)一步探究。
　　第二部分:病理性近視眼全基因組

6、掃描基因篩查研究
　　目的:旨在探究病理性近視眼致病的新候選基因,利用核心家系進(jìn)行全基因組掃描,篩查拷貝數(shù)變異區(qū)域中的基因。
　　方法:收集31個(gè)漢族病理性近視眼患者核心家系,抽取每個(gè)家系成員外周血5ml,提取基因組DNA,利用核心家系中的正常健康人作為對(duì)照,采用AffymetrixHumanSNPAssay6.0基因芯片對(duì)所有樣本進(jìn)行全基因組掃描,以CNVs作為遺傳學(xué)標(biāo)記進(jìn)行分析,尋找在病人的基因組中新生的拷貝數(shù)變化,在拷

7、貝數(shù)變化的熱區(qū)尋找致病基因,對(duì)掃描結(jié)果進(jìn)行基于家系和基于數(shù)據(jù)庫(kù)正常人的比對(duì)分析。對(duì)于分析所得的重要候選區(qū)域,進(jìn)一步采用Real-timePCR驗(yàn)證以排除假陽(yáng)性結(jié)果。
　　結(jié)果:本研究共收集到31個(gè)病理性近視眼核心家系共96名成員。核平滑算法、HMM算法及Segmentation算法三種計(jì)算方法均指向兩個(gè)重要的CNV缺失區(qū)域,在一個(gè)核心家系中患病的母親和患兒在4q23有現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫(kù)中沒有記錄的一段100kb左右的CNV缺失區(qū)域,這個(gè)區(qū)

8、域也是已報(bào)道的高度近視眼位點(diǎn)MYP11所在的區(qū)域,缺失區(qū)域內(nèi)包含了一個(gè)候選基因CandidateⅠ;另一個(gè)核心家系中患者在9p24.3上出現(xiàn)了一段其未患病父母沒有,數(shù)據(jù)庫(kù)中也沒有記錄的新生CNV缺失區(qū)域,約350kb大小,缺失區(qū)域內(nèi)也僅包含了一個(gè)候選基因CandidateⅡ。HMM及Segmentation兩種算法同時(shí)指出了一個(gè)核心家系中患者在Xq25上出現(xiàn)了一段其未患病父母沒有,數(shù)據(jù)庫(kù)中也沒有記錄的新生CNV缺失區(qū)域,約100kb大小

9、,該區(qū)域位于高度近視眼位點(diǎn)MYPl3所在區(qū)域中,缺失區(qū)域內(nèi)包含了候選基因ACTRTl。通過(guò)Real-timePCR對(duì)以上三個(gè)重要的CNV缺失區(qū)域進(jìn)行進(jìn)一步的驗(yàn)證,確定了患者中的CNV缺失確實(shí)存在,排除了假陽(yáng)性的可能。
　　結(jié)論:CandidateⅠ、CandidateⅡ及ACTRT1是三個(gè)有希望的病理性近視眼的候選基因,但這些候選基因所在的CNV缺失區(qū)域在檢測(cè)的患者中沒有相互重疊,致病基因的確定有待于進(jìn)一步在大樣本的散發(fā)人群中進(jìn)行