元基因高速分析系統(tǒng).pdf

1、元基因組的序列分類是元基因組學(xué)分析中一個(gè)很重要的環(huán)節(jié)。目前，基于同源比對(duì)的元基因組序列分類方法大都采用Blast、Blastx等速度緩慢的序列比對(duì)軟件，已經(jīng)很難適應(yīng)元基因組數(shù)據(jù)量的增長(zhǎng)；同時(shí)，這些軟件在處理共有序列、未知序列時(shí)，還有很大缺陷。新開(kāi)發(fā)的基于比元基因組學(xué)通過(guò)研究從環(huán)境樣品中直接提取的全部微生物的DNA，極大促進(jìn)了對(duì)海洋、土壤、人體等各種環(huán)境的微生物學(xué)研究。同時(shí)新一代測(cè)序技術(shù)的迅速發(fā)展，為元基因組學(xué)的發(fā)展提供了條件。然而，迅速

2、增加的數(shù)據(jù)量對(duì)元基因組數(shù)據(jù)的分析提出了挑戰(zhàn)。因此，開(kāi)發(fā)新一代的元基因組高速分析系統(tǒng)十分重要。該高速分析系統(tǒng)目前包括兩大部分：元基因組的模擬系統(tǒng)（NeSSM）和元基因組的序列分類系統(tǒng)(MetaAll)。
　　元基因組的模擬系統(tǒng)可以用于評(píng)估實(shí)驗(yàn)的參數(shù)與方案，選擇合適的分析軟件。現(xiàn)有的元基因組模擬軟件模擬時(shí)所用的錯(cuò)誤模型較簡(jiǎn)單，模擬速度緩慢，無(wú)法準(zhǔn)確模擬大數(shù)據(jù)量下的元基因組。新開(kāi)發(fā)的元基因模擬軟件——NeSSM，引入了更加復(fù)雜的錯(cuò)誤模型

3、，使元基因組的模擬更為真實(shí)，同時(shí)還使用了GPU來(lái)加速模擬速度。
　　元基因組的序列分類是元基因組學(xué)分析中一個(gè)很重要的環(huán)節(jié)。目前，基于同源比對(duì)的元基因組序列分類方法大都采用Blast、Blastx等速度緩慢的序列比對(duì)軟件，已經(jīng)很難適應(yīng)元基因組數(shù)據(jù)量的增長(zhǎng)；同時(shí)，這些軟件在處理共有序列、未知序列時(shí)，還有很大缺陷。新開(kāi)發(fā)的基于比對(duì)的元基因組序列分類軟件——MetaAll，采用了更加合理的概率、先驗(yàn)等模型，使得元基因組的序列分類更準(zhǔn)確；同