基于生物信息學(xué)應(yīng)用的混合架構(gòu)集群系統(tǒng)研究.pdf

1、自從全基因組測(cè)序成為可能以來(lái)，基因組結(jié)構(gòu)注釋（包括了解基因組DNA中的基因組成、結(jié)構(gòu)及其調(diào)控元件）成為生物信息學(xué)研究的重要問(wèn)題，由于基因組結(jié)構(gòu)注釋系統(tǒng)的計(jì)算量龐大，需要基于高性能計(jì)算資源進(jìn)行基因組結(jié)構(gòu)注釋計(jì)算。
　　 目前生物信息學(xué)研究機(jī)構(gòu)普遍采用的高性能計(jì)算系統(tǒng)主要存在以下兩方面問(wèn)題：搭建成本高昂，性價(jià)比差，對(duì)預(yù)算有限的實(shí)驗(yàn)室是沉重負(fù)擔(dān)；技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)不開(kāi)放，導(dǎo)致軟件管理困難，硬件擴(kuò)展性不佳，后期維護(hù)成本高昂。
　　 針對(duì)以

2、上問(wèn)題做了如下工作：
　　 搭建了一個(gè)適合生物信息學(xué)應(yīng)用的基于開(kāi)源集群資源管理中間件OSCAR的集群系統(tǒng)。
　　 對(duì)目前的硬件技術(shù)進(jìn)行分析，在此基礎(chǔ)上根據(jù)需求對(duì)硬件選型，特別針對(duì)目前統(tǒng)一架構(gòu)集群的不足提出PC/SMP服務(wù)器混合架構(gòu)的方案。
　　 對(duì)集群相關(guān)的軟件進(jìn)行了實(shí)驗(yàn)和選型，重點(diǎn)是集群資源管理中間件，選型過(guò)程中做了大量實(shí)驗(yàn)來(lái)測(cè)試系統(tǒng)的兼容性。
　　 對(duì)選型后的硬件和軟件進(jìn)行了系統(tǒng)集成，并對(duì)系統(tǒng)并行計(jì)算