基于GCG的生物信息學WEB系統(tǒng)的構建.pdf

1、GCG是運行在Linux或Unix操作系統(tǒng)上的世界上最有名的序列分析系統(tǒng)之一，具有強大的序列分析、比較、預測等功能。其包含的140多個互相關聯(lián)的具有專業(yè)水準的程序被全球650多個科研機構用來進行序列分析，被公認為序列分析的業(yè)界標準。隨著網絡及web技術的飛速發(fā)展，構建生物信息學WEB服務器并提供在線分析服務是目前生物信息學領域的發(fā)展趨勢。目前許多國家科研機構和各大高校學校等都紛紛建立了自己的生物信息學WEB平臺，如美國的國立衛(wèi)生院建立的

2、NCBI，歐洲生物信息學組織建立的EBI等。我國在這一方面仍然處于落后地位。 目的：鑒于GCG的命令行使用界面非常不友好、其X-windows使用界面又需要客戶端安裝X-server，且要求用戶對Linux或Unix操作系統(tǒng)有一定的了解，因而一般的用戶使用起來極為困難。為了降低用戶的使用復雜度，同時為了滿足研究人員使用GCG的需求，本文作者開發(fā)了一套通過web頁面來使用GCG軟件包的系統(tǒng)。該系統(tǒng)的成功開發(fā)，提供給局域網內用戶方便

3、、安全、穩(wěn)定的GCG的在線分析服務。 方法：本課題以RedhatLinux7.2操作系統(tǒng)和GCG生物信息學序列分析系統(tǒng)為平臺，以APACHE作為WEB服務器，以MYSQL為底層數據庫，利用PHP語言和SHELL腳本成功實現了B/S模式的WEB生物信息學序列分析系統(tǒng)。 結構：本文首先介紹了生物信息學和GCG的背景及發(fā)展現狀；其次闡述了本課題所采用的模式架構及實現系統(tǒng)采用的核心技術；然后著重介紹了本系統(tǒng)的具體分析、設計與測試

4、過程；最后介紹本課題的研究結果以及對本項研究的總結和展望。 結果：本課題完成了對GCGWEB序列分析系統(tǒng)的總體搭建，完成工具選擇模塊、參數設置模塊、序列格式轉換模塊、程序運行模塊和用戶管理模塊的編寫。共完成285個靜態(tài)頁面的設計和140個腳本文件的編寫，并建立mysql數據庫1個。結論：系統(tǒng)實現了局域網內用戶通過WEB瀏覽器對Linux服務器上GCG系統(tǒng)的方便使用。從方便用戶的角度出發(fā)，本系統(tǒng)提供了三種選擇工具的方式，提供良好的