生物信息學(xué)題庫精校整理

1、生物信息學(xué)題庫生物信息學(xué)題庫一、名詞解釋一、名詞解釋1、生物信息學(xué)生物信息學(xué):生物分子信息的獲取、存貯、分析和利用以數(shù)學(xué)為基礎(chǔ)，應(yīng)用計算機技術(shù)，研究生物學(xué)數(shù)據(jù)的科學(xué)。2、相似性相似性(similarity):相似性是指序列比對過程中用來描述檢測序列和目標(biāo)序列之間相同DNA堿基或氨基酸殘基順序所占比例的高低。3、同源性同源性(homology)gy):生物進化過程中源于同一祖先的分支之間的關(guān)系。4、BLAST(BasicLocalAlig

2、nmentSearchTool):基本局部比對搜索工具，用于相似性搜索的工具，對需要進行檢索的序列與數(shù)據(jù)庫中的每個序列做相似性比較。5、HMM隱馬爾可夫模型隱馬爾可夫模型:是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域家族序列的一種嚴(yán)格的統(tǒng)計模型，包括序列的匹配，插入和缺失狀態(tài)，并根據(jù)每種狀態(tài)的概率分布和狀態(tài)間的相互轉(zhuǎn)換來生成蛋白質(zhì)序列。6、一級數(shù)據(jù)庫一級數(shù)據(jù)庫:一級數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)直接來源于實驗獲得的原始數(shù)據(jù)，只經(jīng)過簡單的歸類整理和注釋(投稿文章首先要將核苷酸序列或蛋

3、白質(zhì)序列提交到相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫中)7、二級數(shù)據(jù)庫二級數(shù)據(jù)庫:對原始生物分子數(shù)據(jù)進行整理、分類的結(jié)果，是在一級數(shù)據(jù)庫、實驗數(shù)據(jù)和理論分析的基礎(chǔ)上針對特定的應(yīng)用目標(biāo)而建立的。8、GenBank:是具有目錄和生物學(xué)注釋的核酸序列綜合公共數(shù)據(jù)庫，由NCBI構(gòu)建和維護。9、EMBL:EMBL實驗室：歐洲分子生物學(xué)實驗室。EMBL數(shù)據(jù)庫：是非盈利性學(xué)術(shù)組織EMBL建立的綜合性數(shù)據(jù)庫，EMBL核酸數(shù)據(jù)庫是歐洲最重要的核酸序列數(shù)據(jù)庫，它定期地與美國的Gen

4、Bank、日本的DDBJ數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)進行交換，并同步更新。10、DDBJ:日本核酸序列數(shù)據(jù)庫，是亞洲唯一的核酸序列數(shù)據(jù)庫。11、Entrez:是由NCBI主持的一個數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)，它包括核酸，蛋白以及Medline文摘數(shù)據(jù)庫，在這三個數(shù)據(jù)庫中建立了非常完善的聯(lián)系。12、SRS(sequenceretrievalsystem):序列查詢系統(tǒng)，是EBI提供的多數(shù)據(jù)庫查詢工具之一。有與Entrez類似的功能，還提供一系列的序列分析工具，可以

5、直接進行在線序列分析處理。13、EST:收集大量cDAN或EST序列以及其他相關(guān)信息，目前最大的公共表達序列數(shù)據(jù)庫。14、GSS:GeneBank數(shù)據(jù)庫的一部分，收集基因組DNA克隆的測序序列。15、GEO:基因表達精選集是一個儲存高通量功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫。16、SCOP數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫:提供關(guān)于已知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)之間結(jié)構(gòu)和進化關(guān)系的詳細描述，包括蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫PDB中的所有條目。34、空位空位(gap):在序列比對時，由于序列長度不

6、同，需要插入一個或幾個位點以取得最佳比對結(jié)果，這樣在其中一序列上產(chǎn)生中斷現(xiàn)象，這些中斷的位點稱為空位。P2935、空位罰分空位罰分:空位罰分是為了補償插入和缺失對序列相似性的影響，序列中的空位的引入不代表真正的進化事件，所以要對其進行罰分，空位罰分的多少直接影響對比的結(jié)果。P3736、E值:衡量序列之間相似性是否顯著的期望值。E值大小說明了可以找到與查詢序列(query)相匹配的隨機或無關(guān)序列的概率，E值越接近零，越不可能找到其他匹配序

7、列，E值越小意味著序列的相似性偶然發(fā)生的機會越小，也即相似性越能反映真實的生物學(xué)意義。P9537、低復(fù)雜度區(qū)域低復(fù)雜度區(qū)域:BLAST搜索的過濾選項。指序列中包含的重復(fù)度高的區(qū)域，如poly(A)。38、點矩陣點矩陣(dotmatrix):構(gòu)建一個二維矩陣，其X軸是一條序列，Y軸是另一個序列，然后在2個序列相同堿基的對應(yīng)位置(x，y)加點，如果兩條序列完全相同則會形成一條主對角線，如果兩條序列相似則會出現(xiàn)一條或者幾條直線如果完全沒有相似

8、性則不能連成直線。39、多序列比對多序列比對:通過序列的相似性檢索得到許多相似性序列，將這些序列做一個總體的比對，以觀察它們在結(jié)構(gòu)上的異同，來回答大量的生物學(xué)問題。40、分子鐘分子鐘:認(rèn)為分子進化速率是恒定的或者幾乎恒定的假說，從而可以通過分子進化推斷出物種起源的時間。41、系統(tǒng)發(fā)育分析系統(tǒng)發(fā)育分析:通過一組相關(guān)的基因或者蛋白質(zhì)的多序列比對或其他性狀，可以研究推斷不同物種或基因之間的進化關(guān)系。42、進化樹的二歧分叉結(jié)構(gòu)進化樹的二歧分叉結(jié)

9、構(gòu):指在進化樹上任何一個分支節(jié)點，一個父分支都只能被分成兩個子分支。43、系統(tǒng)發(fā)育圖系統(tǒng)發(fā)育圖:用枝長表示進化時間的系統(tǒng)樹稱為系統(tǒng)發(fā)育圖，是引入時間概念的支序圖。44、直系同源直系同源:指由于物種形成事件來自一個共同祖先的不同物種中的同源序列，具有相似或不同的功能。(書:在缺乏任何基因復(fù)制證據(jù)的情況下，具有共同祖先和相同功能的同源基因。)45、旁系旁系(并系并系)同源同源:指同一個物種中具有共同祖先，通過基因重復(fù)產(chǎn)生的一組基因，這些基因

10、在功能上可能發(fā)生了改變。(書:由于基因重復(fù)事件產(chǎn)生的相似序列。)46、外類群外類群:是進化樹中處于一組被分析物種之外的，具有相近親緣關(guān)系的物種。47、除權(quán)配對算法除權(quán)配對算法(UPGMA):最初，每個序列歸為一類，然后找到距離最近的兩類將其歸為一類，定義為一個節(jié)點，重復(fù)這個過程，直到所有的聚類被加入，最終產(chǎn)生樹根。48、鄰接法鄰接法(neighbjoiningmethod):是一種不僅僅計算兩兩比對距離，還對整個樹的長度進行最小化，從而