豬6個候選SNP位點與繁殖性狀的關聯(lián)分析.pdf

1、香豬是我國珍貴的微型地方豬種，具有纖維細、脂肪顆粒小、香味濃郁、早熟易繁等特點，是加工制作色、香、味俱佳的高質量肉品的優(yōu)質原料。在采集香豬樣品過程中，發(fā)現(xiàn)在貴州從江縣天然分布的香豬群產仔數有明顯的差異，是研究豬生長和繁殖調控的良好遺傳材料。本文應用Illumina Porcine SNP60（60K）豬全基因組 SNP芯片對從江香豬全基因組的核苷酸多態(tài)性進行了系統(tǒng)的研究，并選取6個候選SNP位點進行大群體驗證，獲得的主要結果如下：

2、>　?。?）應用Illumina PorcineSNP60芯片對120份香豬和可樂豬基因組的SNP進行檢測，經過嚴格的質量控制從120個樣本中篩選出95個樣本，從61565個SNPs中獲得38102個SNPs。以香豬的產仔數為表型，用Plink軟件中混合模型進行香豬最高產仔數性狀 SNP全基因組關聯(lián)分析，經過數據重排，以permutation校正后顯著閾值為1.31E-6為界，共得到29個顯著關聯(lián)位點。對所有位點進行了生物信息學分析和注

3、釋。
　?。?）選取6個候選 SNP位點 CASI0003452、DIAS0001380、ALGA0071919、MARC0052565、 ALGA0045832和 rs326417166，采用等位基因特異PCR方法對候選位點的多態(tài)性變化進行群體研究。
　?。?）群體驗證結果表明，香豬群體中 C452位點以 BB基因型為主，低產群的B等位基因頻率明顯高于高產群(p＜0.05)，兩個香豬群體的B等位基因頻率明顯高于大白豬(p＜

4、0.05)。r166位點在香豬產仔數低的群體中基因型以 AB型為主，等位基因以 B為主（P＜0.05）；在香豬仔數高的群體和大白豬中基因型以 AA型為主（P＜0.05），等位基因以 A型為主；A等位基因頻率在香豬產仔數高的群體和大白豬中高于香豬仔數低的群體（P＜0.05）；與乳頭數，三胎產仔數和三胎產仔數弱的正相關。D380位點，兩個香豬群的A等位基因頻率低于于大白豬，且與乳頭數呈弱的正相關；香豬和大白豬群體中A919和M565位點沒有

5、多態(tài)性；A832位點兩個香豬群 A等位基因頻率明顯低于大白豬(p＜0.05)。
　?。?）經測序證實 D380位點處于 C1GALT1基因外顯子1中，屬于同義密碼子突變(GCC→GCU)，存在密碼子偏好性，可能影響香豬C1GALT1基因的表達，可能與香豬的性早熟有關。
　?。?）經測序 C452和 r166位點位于 PDIA4基因內含子4中，生物信息學分析 r166位點通過 pre-mRNA剪接形成不同 PDIA4蛋白亞型，