河川沙塘鱧EST-SSR標(biāo)記開發(fā)及在育種上的初步應(yīng)用.pdf

1、河川沙塘鱧(Odontobutis potamophlia)俗名呆子魚、虎頭鯊等，是一種淡水底棲小型肉食性魚類，在我國(guó)主要分布于長(zhǎng)江中下游及其支流、錢塘江水系和閩江水系等。其肉質(zhì)細(xì)嫩、味道鮮美、經(jīng)濟(jì)價(jià)值高，深受人們喜愛，是一種具有很好開發(fā)前景的經(jīng)濟(jì)魚類。目前關(guān)于河川沙塘鱧的研究主要集中在生理、毒理、增養(yǎng)殖等方面，而關(guān)于河川沙塘鱧不同地理群體間的雜交育種和河川沙塘鱧家系鑒別及親緣關(guān)系鑒定尚未見報(bào)道。本文基于河川沙塘鱧的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)設(shè)計(jì)并篩選

2、出56對(duì)微衛(wèi)星引物，選擇其中多態(tài)性含量高且能穩(wěn)定擴(kuò)增的8對(duì)微衛(wèi)星引物對(duì)河川沙塘鱧雜交群體及不同家系進(jìn)行遺傳分析和親緣關(guān)系鑒定，以期為今后河川沙塘鱧的大規(guī)模家系選育及親子鑒定提供理論依據(jù)。主要研究結(jié)果如下:
　　1、基于轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)的河川沙塘鱧微衛(wèi)星篩選
　　利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)開發(fā)并篩選了河川沙塘鱧的EST-SSR(微衛(wèi)星)標(biāo)記。采用MISA軟件進(jìn)行微衛(wèi)星分析，對(duì)其中的200個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)進(jìn)行引物設(shè)計(jì)，利用來自浙江建德的32尾河川

3、沙塘鱧個(gè)體進(jìn)行遺傳分析，獲得了56個(gè)多態(tài)性微衛(wèi)星位點(diǎn)。其中，二堿基重復(fù)位點(diǎn)11個(gè);三堿基重復(fù)位點(diǎn)16個(gè);四堿基重復(fù)位點(diǎn)1個(gè);五堿基重復(fù)位點(diǎn)1個(gè);串聯(lián)微衛(wèi)星（復(fù)合微衛(wèi)星）位點(diǎn)27個(gè)。每個(gè)位點(diǎn)的等位基因數(shù)為2～8，觀測(cè)雜合度（Ho）為0.03571～0.9375，期望雜合度（He）為0.14326～0.81549。平均觀測(cè)雜合度為0.4467，平均期望雜合度為0.5518，結(jié)果表明該群體遺傳多樣性較豐富。所開發(fā)EST-SSR位點(diǎn)可為河川沙塘

4、鱧及其近緣種魚類的群體遺傳分析、親子鑒定、基因圖譜構(gòu)建、分子輔助育種等方面的研究提供有效的分子標(biāo)記。
　　2、河川沙塘鱧3個(gè)不同地理群體雜交F1代生長(zhǎng)性能及遺傳多樣性分析
　　選取來自浙江建德、安徽當(dāng)涂、江蘇太湖三個(gè)不同地理群體的河川沙塘鱧，采用3×3完全雙列雜交方式進(jìn)行配組，對(duì)9個(gè)組合F1子代的生長(zhǎng)性狀及遺傳多樣性進(jìn)行比較分析。通過對(duì)2月齡和4月齡F1子代的生長(zhǎng)性狀進(jìn)行對(duì)比分析發(fā)現(xiàn)，建德（♂）×當(dāng)涂（♀）雜交組合的全長(zhǎng)增加

5、率、質(zhì)量增加率分別為42.58％、190.79％，建德×當(dāng)涂（正反交）組合的全長(zhǎng)雜交優(yōu)勢(shì)率、體質(zhì)量雜交優(yōu)勢(shì)率分別為17.88％、66.75％，均高于其他組合。不同地理群體間的雜交F1子代的全長(zhǎng)增加率、質(zhì)量增加率、雜交優(yōu)勢(shì)率均高于同一地理群體間的自繁F1子代。采用8個(gè)微衛(wèi)星引物分析獲得9個(gè)組合F1子代的遺傳分化指數(shù)(Fst)平均值為0.195，表明9個(gè)組合子代間存在遺傳差異與分化，其期望雜合度（He）在0.1493～0.7971之間，觀測(cè)

6、雜合度（Ho）在0.1562～1.0000之間。雙列雜交子代的雜合度和遺傳多樣性高于自繁子代，其中建德（♂）×當(dāng)涂（♀）組合的等位基因數(shù)(A）、多態(tài)信息含量(PIC)值分別為3.9和0.486，均高于其他組合。綜合生長(zhǎng)性能和遺傳多樣性，初步確定建德（♂）×當(dāng)涂（♀）為最佳雜交組合。
　　3、微衛(wèi)星標(biāo)記用于河川沙塘鱧家系鑒別及親子鑒定
　　利用OPRM87、OPRM114、OPRM115、OPRM117、OPRM123、OPR

7、M125、OPRM197、OPRM200共8個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)對(duì)河川沙塘鱧5個(gè)人工選育家系進(jìn)行系譜認(rèn)證和親子鑒定研究。采用Cervus2.0進(jìn)行親權(quán)分析，根據(jù)家系內(nèi)個(gè)體間的遺傳距離進(jìn)行UPGMA聚類分析。研究結(jié)果顯示，隨著微衛(wèi)星引物的增加，雙親未知和已知一個(gè)親本的累計(jì)排除率不斷增加，當(dāng)微衛(wèi)星位點(diǎn)達(dá)到8時(shí)，累計(jì)排除率分別為97％和99.8％。聚類分析圖顯示同一家系的親本和子代能正確的聚到一支，雙盲測(cè)試結(jié)果顯示所選雙親未知的子代個(gè)體都能與某一家系