蘋(píng)果屬EST-SSR標(biāo)記開(kāi)發(fā)及其在梨屬上的轉(zhuǎn)移性.pdf

1、隨著基因組學(xué)的發(fā)展，DNA測(cè)序技術(shù)不斷變革，測(cè)序成本已大大降低，這使得對(duì)cDNA文庫(kù)的大規(guī)模隨機(jī)測(cè)序成為一項(xiàng)實(shí)用的技術(shù)。而通過(guò)測(cè)序所得的成千上萬(wàn)的EST序列為SSR標(biāo)記的開(kāi)發(fā)提供了一個(gè)巨大的有價(jià)值的來(lái)源。作為一種新型的分子標(biāo)記，不僅具備傳統(tǒng)基因組SSR標(biāo)記的特點(diǎn)，而且以其開(kāi)發(fā)經(jīng)濟(jì)和通用性高等優(yōu)勢(shì)已在很多植物中得到開(kāi)發(fā)和應(yīng)用。本文簡(jiǎn)要介紹了EST-SSR標(biāo)記的原理和特點(diǎn)，重點(diǎn)綜述了其在果樹(shù)的遺傳多樣性分析，遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建，比較作圖和分

2、子系統(tǒng)發(fā)育等研究領(lǐng)域的應(yīng)用現(xiàn)狀。本實(shí)驗(yàn)從蘋(píng)果屬的EST數(shù)據(jù)庫(kù)中開(kāi)發(fā)了147對(duì)SSR引物，經(jīng)過(guò)初步篩選后有94對(duì)可以擴(kuò)出目的片段，最終獲得65對(duì)具有多態(tài)性的EST-SSR引物。隨后進(jìn)一步選取其中的18對(duì)引物對(duì)蘋(píng)果屬的20份材料的遺傳多樣性進(jìn)行了檢測(cè)。此外，為了評(píng)價(jià)所開(kāi)發(fā)引物在不同屬間的轉(zhuǎn)移性，在蘋(píng)果屬的近緣屬梨屬上也進(jìn)行了引物篩選和遺傳多樣性分析。實(shí)驗(yàn)結(jié)果如下： (1)18對(duì)SSR引物在所有供試的20份蘋(píng)果屬材料上均能擴(kuò)出清晰的目

3、的條帶，一共檢測(cè)到126個(gè)等位基因，平均每個(gè)位點(diǎn)6.94個(gè)等位基因。各個(gè)位點(diǎn)的PIC值變化范圍為0.381～0.931，平均PIC值高達(dá)0.831，表現(xiàn)出了很好的多態(tài)性。不同材料間的相似系數(shù)為0.5238～0.9127，平均值是0.6749.隨后的聚類分析顯示，20個(gè)種或品種在相似系數(shù)為0.6800附近可以分為5個(gè)組。在第一組中，6個(gè)栽培品種‘遼伏’，‘極早紅’、‘秦冠’、‘秀水國(guó)光’、‘秋錦’和‘華冠’聚在一起，相似系數(shù)很高，證實(shí)了它

4、們具有較近的親緣關(guān)系。柰即綿蘋(píng)果與新疆野蘋(píng)果的亞種吉爾吉斯蘋(píng)果的相似系數(shù)達(dá)到了0.8333，顯示了較近的親緣關(guān)系，這與李育農(nóng)(1999)的綿蘋(píng)果起源于M.sieversii結(jié)論是一致的。另外，三個(gè)位點(diǎn)測(cè)序的比對(duì)結(jié)果表明SSR的側(cè)翼序列是保守的，微衛(wèi)星在所有的材料中都存在而它們的重復(fù)次數(shù)是不一樣的。 (2)上述的94對(duì)引物在梨屬的四個(gè)種或品種中可以擴(kuò)增出目的產(chǎn)物的為72對(duì)，其中多態(tài)性引物40對(duì)，又隨機(jī)選取8對(duì)在24個(gè)梨屬植物的種或

5、品種上進(jìn)行了擴(kuò)增。所選引物在這些材料上都擴(kuò)增出了與在蘋(píng)果屬上大小相似的預(yù)期產(chǎn)物，一共產(chǎn)生了59個(gè)等位基因，平均每對(duì)引物7.375個(gè)。不同位點(diǎn)的觀察雜和度范圍為MES96的0.29到MESl38的0.83，平均觀察雜和度為0.55，稍低于梨屬基因組SSR分析(Bao等，2007)所得的平均觀察雜和度0.63。聚類分析結(jié)果表明，所有材料在相似系數(shù)為0.6800處可明顯分為兩大類群，即東亞梨和西方梨。在東亞梨中，中國(guó)砂梨與中國(guó)白梨相互交錯(cuò)在一