采用AFLP和SSR分析鯉生長不同階段的遺傳結構及遺傳差異.pdf

1、在對鯉進行遺傳多樣性分析時,發(fā)現(xiàn)很多標記不平衡的現(xiàn)象;在對鯉進行QTL分析中和基于單家系的遺傳作圖中,發(fā)現(xiàn)了很多偏離平衡的位點,這說明某一種基因型嚴重偏離孟德爾平衡比例,對于這種現(xiàn)象出現(xiàn)的原因還不清楚。本研究利用高效的AFLP和SSR分子標記技術,掃描一個單家系鯉不同生長階段(出膜前、出膜后平游前、平游時、秋天成魚)的全基因組DNA,分析了鯉出膜前后部分基因型差異;利用偏離平衡的標記對不同發(fā)育階段進行分析,獲得了該單家系鯉的遺傳多樣性數(shù)

2、據(jù),比較在生長發(fā)育四個階段的遺傳結構和遺傳差異,以期揭示在哪個階段開始出現(xiàn)不平衡現(xiàn)象以及遺傳多樣性變化規(guī)律。對鯉分子生物學基礎研究具有重要理論和現(xiàn)實意義,同時,也為評估鯉種質資源,建立其遺傳多樣性數(shù)據(jù)庫提供依據(jù)。主要結果如下:
　　本研究利用AFLP標記技術,對出膜前和平游前兩個階段正常及狀態(tài)不佳群體(畸形群體)進行分析。主要結果和結論如下:
　　1.出膜前多態(tài)位點平均比例為23.48％,略高于出膜后多態(tài)位點平均比例22.0

3、5％。就多態(tài)性位點比例來說正常個體與死亡或狀態(tài)不佳群體差異不大。
　　2.通過篩選,64對AFLP引物中,共35對引物存在多態(tài)性位點;8對引物存在差異條帶,共得到13個差異條帶。在3299個位點中,單態(tài)性位點3145個,多態(tài)性位點154個平均多態(tài)率為4.67％。多態(tài)比率較低。
　　3.在設計的50對SCAR標記中,有3對引物為陽性克隆,其余47對為假陽性克隆,假陽性中有3對為多態(tài)性的克隆和44對為單態(tài)性的克隆。假陽性比例較高

4、。
　　4.對能得到的陽性克隆序列和部分假陽性序列在NCBI中運行BLAST程序同其他魚類序列進行比對,結果發(fā)現(xiàn)得到功能序列包括: PEG-10蛋白、ATP依賴的RNA解旋酶裝飾基因DDX4、細胞程序死亡蛋白7類似物、干擾素因子5、斑馬魚細胞活素信號抑制因子6類似物、同源抗原Ma1。
　　本研究應用SSR分子標記技術,從前期190圖譜[117]中三個具有代表性的富含不平衡熱點的三個連鎖群中篩選31對具有多態(tài)性的引物對鯉自交F

5、2代四個階段共384尾個體進行基因型分析,得到了這些階段遺傳多樣性變化趨勢并構建了四階段的遺傳連鎖群,進而比較了鯉不同生長階段連鎖情況的異同,主要獲得了以下主要結果:
　　1.鏡鯉各發(fā)育階段的遺傳變異從高到低的排序均為A>B>C>D,這不僅反映了鏡鯉具有豐富的遺傳多樣性,且表明后代個體對環(huán)境變化的適應能力變強。
　　2.通過popgene3.2算得H-W值來進行比較,根據(jù)表中結果顯示所有標記均大于0.05均滿足哈德溫伯格平衡

6、,但在數(shù)值上呈現(xiàn)出一定規(guī)律的變化,大致可以分為
　　3種情況:逐漸下降趨勢、平緩發(fā)展趨勢及逐漸上升趨勢、逐漸下降趨勢的標記,這些標記數(shù)量分別占總數(shù)的34.5％、46.7％、18.8％。
　　3.通過聚類分析可以看出鏡鯉種群4個不同發(fā)育階段可分為兩大組,一組是A階段和B階段先聚到一起再和C階段聚到一起為一個大支,D階段單獨為一支。這與其發(fā)育階段基本吻合,即發(fā)育階段越接近,其遺傳距離也相對較小。
　　4.190圖譜中三個連