山東半島潮間帶紅藻分子條形碼鑒定.pdf

1、紅藻的傳統(tǒng)分類學(xué)方法在很大程度上依賴于藻體的大小，顏色，質(zhì)地，細(xì)胞結(jié)構(gòu)及生殖結(jié)構(gòu)等特征。然而，紅藻的形態(tài)在種內(nèi)和種間有高度的可變性，藻體的形態(tài)會(huì)隨著環(huán)境條件的變化而發(fā)生一些相應(yīng)的變化；生長在不同時(shí)期的藻體的形態(tài)也會(huì)有所不同，會(huì)造成鑒定結(jié)果的模糊性。因此，只有經(jīng)驗(yàn)非常豐富的分類學(xué)家才能區(qū)分出一些相近的物種。本論文以從山東半島采集的紅藻為樣品，利用形態(tài)學(xué)方法和DNA條形碼技術(shù)對(duì)紅藻進(jìn)行了分類鑒定。
　　2011年10月到2012年12

2、月，在山東半島潮間帶地區(qū)總共采集了600株紅藻樣品。首先應(yīng)用傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)分類方法，通過觀察藻體的外部形態(tài)，顯微結(jié)構(gòu)等，對(duì)比圖鑒及查閱資料，鑒定出7目，16科，30屬，35種不同的物種，另有一些未被準(zhǔn)確鑒定出來的樣品有20種物種只鑒定到目或科或?qū)佟?br>　　在形態(tài)學(xué)鑒定基礎(chǔ)上，應(yīng)用 DNA條形碼技術(shù)對(duì)這些樣品進(jìn)行了分子鑒定，采用的三個(gè)分子標(biāo)記分別為 LSU(28S核糖體大亞基序列),UPA(23S rRNA基因片段，通用質(zhì)體擴(kuò)增區(qū)),

3、COI（細(xì)胞色素C氧化酶亞基1）基因片段。共得到527條LSU基因片段，515條UPA基因片段和332條COI基因片段。LSU和UPA基因的擴(kuò)增效率和測(cè)序效率明顯大于COI基因的。經(jīng)K2P法分析，LSU基因幾乎沒有種內(nèi)變異度，種間變異度為0.002-0.160；UPA基因的種內(nèi)變異度在0-0.003之間，種間變異度為0.011-0.123；COI基因的種內(nèi)變異度0.002-0.008，種間變異度為0.144-0.238。表明三個(gè)基因中，

4、LSU基因在三個(gè)基因中是最保守的，COI基因的變異度最大，種間遺傳距離明顯大于種內(nèi)遺傳距離，
　　利用這三個(gè)分子標(biāo)記作為條形碼基因有力的輔助了紅藻的分類鑒定，通過三個(gè)基因構(gòu)建的NJ樹，600份樣品被分成了56個(gè)不同的物種，屬于7目，20科，40屬。除了LSU基因外，所有的樣品在UPA和COI基因構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生樹中都被區(qū)分開來。其中有三個(gè)樣品（代表樣品QDHQW20111124-R23），由于沒有觀察到他們的生殖結(jié)構(gòu)特征，通過形態(tài)學(xué)

5、方法沒有被鑒定出來，但是在三個(gè)基因構(gòu)建的NJ樹中均被鑒定為卷枝異管藻（Heterosiphonia crispella），而在國內(nèi)文獻(xiàn)中均未有報(bào)道此物種在中國的分布，因此，這個(gè)物種在山東半島地區(qū)可能是個(gè)隱藏種或外來入侵物種；此外，研究還發(fā)現(xiàn)日本異管藻（Heterosiphonia japonicai）的遺傳距離更接近絨線藻屬而不是異管藻屬，國外也有相似研究結(jié)果，這還有待于進(jìn)一步研究驗(yàn)證。
　　研究結(jié)果表明 UPA序列和COI序列對(duì)