水稻CO39基因組的組裝注釋與分析.pdf

1、水稻是最重要的糧食作物之一，世界上有一半的人口以水稻為主食。隨著人口的不斷增加，急需提高水稻總產(chǎn)量以滿足人類生存的需求。然而水稻的生長(zhǎng)發(fā)育會(huì)受到各種逆境的脅迫，且不同水稻品種對(duì)逆境具有不同的感抗能力。前期研究表明秈型水稻品種CO39易感稻瘟病，但能抗各種非生物逆境脅迫，如高溫。因此，CO39已被用作多個(gè)水稻遺傳群體的親本材料。但有關(guān)CO39品種基因組序列的組裝及其注釋的研究尚未見報(bào)道。
　　本研究主要內(nèi)容包括：⑴基于參考基因組組裝

2、后的CO39基因組一致性序列為356Mb，其中包含69.8Mb的N和61Mb大小未定位的contigs序列。一致性序列覆蓋cDNA長(zhǎng)度90％以上的占40%,覆蓋cDNA長(zhǎng)度70%以上的占62%，覆蓋cDNA長(zhǎng)度50%以上的占到了73%。⑵基因組注釋發(fā)現(xiàn)在CO39基因組中3,244個(gè)可信度較高的基因有相應(yīng)的功能注釋，也挖掘出2,111,981個(gè)SNPs。同時(shí)構(gòu)建了數(shù)據(jù)庫CO39基因組數(shù)據(jù)庫(http://localhost/snp2gen

3、e/snp.php)，用于保存CO39基因組序列、注釋和高質(zhì)量的SNPs數(shù)據(jù)，以方便其他研究人員的應(yīng)用。⑶SVs分析結(jié)果表明，CO39基因組中有40,980個(gè)長(zhǎng)度大于100bp的長(zhǎng)片段Indels，69.5Mb大小的插入序列，50.4Mb大小的缺失片段。分析SNPs對(duì)編碼基因的影響以及SVs的變異情況，發(fā)現(xiàn)抗稻瘟病基因LOC_Os09g15840的編碼區(qū)上沒有任何堿基的突變且該基因也不屬于缺失片段。⑷從公共數(shù)據(jù)庫中下載50份水稻品種的基