il1b31cc511tt基因型h.pylori相關cag全基因表達譜的研究

1、同濟大學醫(yī)學院博士學位論文IL-1B-31CC/-511TT基因型H.pylori相關CAG全基因表達譜的研究姓名：王韶英申請學位級別：博士專業(yè)：外科學指導教師：陳錫美20090501摘要對象和方法1 ．對因慢性上消化道癥狀而行胃鏡檢查的患者，通過胃鏡和病理診斷入選C A G 患者。留取胃竇粘膜活檢組織和血樣本。并對樣本進行I L 一1 B 一3 1 ／一5 1 1 多態(tài)性測序分型、免疫印跡鼠p y l o r 血清分型、快速尿素酶試驗

2、和組織學檢查。2 ．胃竇胃鏡活檢組織抽提R N A ，應用A g i l e n t 人全基因表達譜：簽片( G 4 1 1 2 F )進行檢測，比較I L 一1 B 一3 1 C C ／一5 1 1 T T 基因型與I L - I B 一3 1 T T ／- 5 1 1 C C 基因型C A G 各6例的基因表達譜，篩選與I L 一1 B 一3 1 C C ／一5 1 1 T T 基因型相關差異基因，并進一步進行G 0 分析。3 ．抽

3、提胃竇組織R N A ，全基因表達譜檢測應用A g i l e n t 人全基因組寡核苷酸芯片( G 4 1 1 2 F ) 進行。比較攜I L - I B - 3 1 C C ／一5 1 1 T T 基因型慢性萎縮性胃炎丘p y l o r i感染組和t Z ．p y J o r i 陰性組各3 例的全基因表達譜。篩選差異基因進行G O 和P a t h w a y 分析，并行q R T - P C R 驗證芯片結果。丘p y l o

4、 r i F H 性組進行免疫印跡法血清分型檢測。4 ．根據(jù)最新研究，選擇胃癌易感性相關基因S N P 位點：I L 一1 B 、I F N —y 、L T A 、I L - 8 、I L - I O 、T N F _ Q 及M I F 7 個基因上1 2 個S N P 位點，設計、篩選引物。對4 9 例慢性萎縮性胃炎患者的全血D N A ，選定引物、P C R 擴增，產(chǎn)物純化后進行S a n g e r法測序，檢測I L 一1 B 一

5、3 1 ／一5 1 l 位點S N P 基因型，其中2 0 例患者同樣方法檢測其余1 0 個S N P 位點基因型。優(yōu)化用于胃癌易感基因S N P 檢測芯片分析的多重P C R 體系，設計、合成并優(yōu)化探針。芯片點樣儀進行胃癌易感基因S N P 檢測芯片的點制。用一例測序樣本對：棗片結果進行驗證。結果1 ．6 8 例C A G 患者中入選4 9 例進行測序。結果1 2 例合格病例被入選進行I L 一1 B - 3 1 C C ／- 5 1

6、 1 T T 基因型C A G 全基因表達譜特點的研究，6 例滿足要求的病例入組用于衄p y l o r l 陽性I L 一1 B 一3 1 C C ／一5 1 1 T T 基因型C A G 的分子表型特點進行研究。2 ．與I L —l B 一3 1 C C ／一5 1 1 T T 基因型相關的慢性萎縮性胃炎差異基因共有3 0 7個，上調2 4 4 個，下調6 3 個；差異基因G O 術語注釋主要涉及大分子代謝、翻譯后蛋白修飾、泛素循環(huán)

7、、蛋白激酶級聯(lián)反應等；可能最具生物學活性基因包括下調基因P C S K 5 ，上調基因P R K C A 、N P L O C 4 、T R I B 3 、M A P K A P K 3 等。3 ．攜I L 一1 B 一3 1 C C ／一5 1 1 T T 基因型慢性萎縮性胃炎丘p y l o r i 感染組和彪p y l o r i 陰性組的全基因表達譜共篩選出差異基因1 2 4 個，上調7 3 個，下調5 1 個，兩組樣本同樣能被