原核生物基因識(shí)別程序zcurve1.02的研發(fā)和微生物必需基因的分析

1、⑧中國近代第一所大掌F O U N D E D I N ' 8 9 5 。天洋大獸T I 『A N d ，量N U N I V E R S I T Y論文I ●夭津犬鬻霹究生院2 0 0 警琿1 月A B S T R A C TI t i S u pt on O W t h a tm o r et h a n2 0 0b a c t e r i a la n da r c h a e a lg e n o m e sh a v

2、e b e e nc o m p l e t e dd u et o t h eq u i c kd e v e l o p m e n to fb a c t e r i a lg e n o m e —s e q u e n c i n gp r o j e c t s ．I n d e n t i f i c a t i o n o fp r o t e i n - c o d i n g g e n e s i nm i c r

3、 o b i a l g e n o m e si s o n eo ft h em o s ti m p o r t a n tt a s k si nb i o i n f o r m a f i c s ( c o m p u t i o n a lb i o l o g y ) ．T h i sp a p e r d e s c r i b e sa l i t t l ei m p r o v e m e n t i nr e

4、 c o g n i z i n gp r o t e i n - c o d i n gg e n e si nb a c t e r i a lg e n o m e su s i n gt h eZc u r v em e t h o da n da l s o t r e s t o l ／S C t h eB L A S Tt o i d e n t i f yt h e e s s e n t i a l g e n e s

5、i nm i c r o b e s ．T h ef i r s t p a r t o ft h ep a p e ri n t r o d u c e s t h eh u m a ng a n o m ep r o j e c t ( H G P ) a n dm o d e l o r g a n a s i mg e n o m e p r o j e c t ．S e v e r a l w e l l - k n o w

6、ng e n er e c o g n i t i o np r o g r a m s f o rp r o k a r y o t e s a n d t h e u n s o l v e dp r o b l e m s i ng e n er e c o g n i t i o n a r e a l s or e f e r r e d ．T h es e c o n dp a r to f t h ep a p e r i

7、 n t r o d u c e st h eZ c u r v em e t h o d o l o g y w h i c hi st h eb a s i c t o o l i na n a l y z i n g p r o k a r y o t i e g e n o m e sa n dg i v e sab r i e fi n t r o d u c t i o nt o t h ea p p l i c a t i

8、 o no fZ c u r v em e t h o d i nv a r i o u sa r e a s s u c ha s g e n ef i n d i n gi np r o k a r y o t i cg e n o m e s ，i s o c h o r es t r u c t u r ei ne u k a r y o t i eg e n o m e sa n di d e n t i f i c a t

9、i o no f r e p l i c a t i o no r i g i n s i nt h eg e n o m e o f a r c h a e o n a n d b a c t e r i a ．T h e t h i r dp a r t o f t h ep a p e rp m p o s e st h ea p p l i c a t i o n o f Z c u r v em e t h o d i n t

10、 h er e c o g n i t i o no f p r o t e i n - c o d i n gg e n e si np m k a r y o t i cg e n o m e s ．T h ea u t h o ri m p l e m e n t st h eC + + l a n g u a g e t or e w r i t et h eZ C U R V E 1 ．0p r o g r a ma n dm

11、 a k e s a t i t t l ea d j u s t m e n ti nt r a i n i n gt h eF i s h e rc o e f f i c i e n t s ．T h er e w r i t t e np r o g r a m w i t ha l i t t l e i m p r o - g e m e n t i sn a m e d a sZ C U R V E 1 ．0 2 ．C o

12、 m p a r e dw i t h Z C U R V E 1 ．0 ，Z C U R V E 1 ．0 2s h o w s s i m i l a ra c c u r a c ya n dl o w e ra d d i t i o n a lp r e d i c t i o nr a t e ．F u r t h e r m o r e ，t h es p e e do fZ C U R V E1 ．0 2h a s b

13、e e ne n h a n c e d ．Z C U R V EI ．0 2c a r tb er u n u n d e rd i f f e r e n to p e r a t i n g s y s t e m ss u c h a s L i n u x a n d I R I X a n d V a n b e i n t e r g r a t e d i n t o o t h e r p r o g r a m s

14、m o r ec o n v e n i e n t l y ．I nt h ef o u r t h p a r to f t h ep a p e r , t h e a u t h o r t r i e st oa n a l y z e t h em i c r o b i a le s s e n t i a lg e n e su s i n gt h em e t h o do f B L A S T ．T h ed a

15、 t a b a s eo f e s s e n t i a lg e n e s ( D E G l c o n t a i n s2 2 4 8e s s e n t i a lg e n e s i n8s p e c i e s a f t e ri ti s u p d a t e d b y t h ea u t h e r ．T h ea u t h o r a n a l y z e st h e n u c l e

16、o f i d e d i s t r i b u t i o n o fe s s e n t i a l g e n e s a n dn o n e s s e n t i a l g e n e s i n B a c i l l u ss u b t i l i su s i n gt h eZ c u l ' v em e t h o da n dt r i e st op r e d i c tt h ee s s

17、 e n t i a lg e n e su s i n g t h em e t h o d o f B L A S T ．B e s i d e s ，t h ea u t h o rc a t e g o r i z e st h e e s s e n t i a lg e n e s i nE c o l iK 1 2a c c o r d i n g t od i f f e r e n tf u n c t i o n s