生長素反應(yīng)體系tir1auxin的分子模擬研究

1、南開大學(xué)碩士學(xué)位論文生長素反應(yīng)體系TIR1-Auxin的分子模擬研究姓名：賈雪冰申請學(xué)位級別：碩士專業(yè)：化學(xué)；物理化學(xué)指導(dǎo)教師：孫宏偉201105A b s t r a c tA b s t r a c tM o l e c u l a rd o c k i n g , M D s i m u l a t i o n a n dq u a n t u mc h e m i s t r y a r e m o l e c u l a rm

2、 o d e l i n g m e t h o d s ．n l e y a r ea p p l i e d t o s t u d y t h e m e c h a n i s m o fe a r l y a u x i np e r c e p t i o nb a s e d0 1 1 t h ec o n f i r m a t i o no f T I R l p r o t e i n a s a u x i nr

3、e c e p t o ra n dt h ec r y s t a l s t r u c t u r eo f T I R 1 c o m p l e x ．I nt h i ss t u d y , 5g r o u p s o f a u x i n p e r c e p t i o nm o d e l s a r ee s t a b l i s h e d i n c l u d i n gS O ：T 玎叉1 - h

4、l s P 6 ，S 1 ：T 如R 1 - I n s P t - A u x i n , S 2 ：T I R l - A u x i n , S 3 ：T I R l - I n s P t - A u x i n - I A A 7a n d S 4 ：T I R 1 一I n s P 6 - I A A 7 ．F o u ra u x i n s 隊A ，1 - N A A ，2 ，4 _ D a n d2 ．N A A c

5、o m p o s e 1 4a u x i np e r c e p t i o n s y s t e r n s ．T h r a g k i n d s o ft h e o r e t i c a l c o m p u t a t i o nm e t h o d s a r ea p p l i e da s f o l l o w ：t w ok i n d so f m o l e c u l a rd o c k i

6、 n g r e s p e c t i v e l yw i Ⅱlr e c e p t o r r i g i da n ds e l e c t i v e r e c e p t o r f l e x i b i l i t y , M D s i m u l a t i o n w i t h e n e r g ym i n i m i z a t i o na n de q u i l i b r a t i o n c

7、 a l c u l a t i o n ，a n dD F T m e t h o da t B 3 L Y P ／6 ·3 1G ( d ) l e v e lw i t he n e r g y a n de l e c t r o n i cs 仃u c t u r e c a l c u l a t i o n s ．T h e r o l e so f c o f a c t o rI n s P 6 ，c e n

8、 t e rw a t e r sa n dt h e 隊A 7 s u b s t r a t ep e p t i d e i nt h ee a r l ya u x i np e r c e p t i o na r ei n v e s t i g a t e db ym o l e c u l a rd o c k i n ga n dM D s i m u l a t i o n ．C o f a c t o rI n s

9、 P 6 ’sp o s i t i o ni st h ee n t r a n c eo f n o n - a c t i v i t ya u x i np o c k e t ．I t C a l le n s u r ea u x i n t od o c k t ot h eb i n d i n g s i t e ．n eh y d r o g e n b o n d s b e t w e e n c o f a c

10、 t o rI n s P 6a n d i t ss u r r o u n d i n g r e s i d u e sm a i n t a i nt h es t a b l es 仃u c t u r eo f t h ea c t i v ea u x i n p o c i k e t ．C e n t e rw a t e r sf o r mh y d r o g e n b o n d s w i t l la u

11、 x i ni nt h ee a r l ys t a g eo f a u x i ne n t e r i n gi n t ot h ea u x i ns y s t e ma n da s s i s t t h eb i n d i n go fa u x i na n d r e c e p t o rT I R lb yi I l d u 砸n gt h ea u x i nt o ap r o p e r s 仃1

12、】c t u 船】p o s i t i o n ．I n t h ep r o c e s so fa u x i np e r c e p t i o n , U L A 7s u b s t r a t ep e p t i d eh a sd i s t i n c t d y n a m i cc h a r a c t e r i s t i c so f t h eh e a da n de n d t e r m i n

13、 a lr e s i d u e sb e i n gs t r e t c h e d i n o r d e rt o h a v e as t r u c t u r a l s p a c ef o rG W P P V m o t i fi n v o l v e d i n t ot h ef u r t h e ra u x i n s i g n a l l i n gp a t h w a y ．‘Q u a n t

14、 u m c h e m i s t r yi sc a r r i e do u tt os t u d yt h ei n t e r a c t i o n s o f a u x i na n d a c t i v er e s i d u e s ．T h e r e s u l t s s h o w t h a t t h e B S S E ( B a s i s S e t S u p e r p o s i t i

15、 o n E r r o r ) i sr e m a r k a b l ei nt h ea u x i np e r c e p t i o ns y s t e m ．B S S Ec o r r e c t e de n e r g i e sa r ec o n s i s t e n tw i t h t h e i n t e r a c t i o n i n t e n s i t i e s b e t w e e