膜蛋白TAP分子與抗原肽相互作用的拉伸分子動力學研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、與抗原呈遞相關(guān)轉(zhuǎn)運體(transporter associated with antigen processing，TAP)在抗原呈遞進程中起著至關(guān)重要的作用，它將蛋白酶降解產(chǎn)生的肽類從細胞質(zhì)里轉(zhuǎn)運到內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔中。近來越來越多的研究證實其與多種慢性感染疾病、自身免疫疾病等有很強的關(guān)聯(lián)。盡管如此，但是由于其實驗數(shù)據(jù)的缺乏，仍然有很多問題亟待解決，如TAP蛋白質(zhì)的具體構(gòu)象，在轉(zhuǎn)運抗原肽過程中信號傳導與轉(zhuǎn)運機制等。
　　本文采用拉伸分子動

2、力學(steered molecular dynamics，SMD)模擬抗原肽與TAP相互作用，通過在抗原肽上施加虛擬牽引力，使抗原肽通過TAP形成的轉(zhuǎn)運通道。在模擬過程中，由于通道結(jié)構(gòu)的不規(guī)則性以及抗原肽和TAP拉伸過程中的相互作用，故不能采用固定方向的拉伸模式，所以本文采用了選取最優(yōu)化方向來實現(xiàn)拉伸過程。經(jīng)過1483ps時間的SMD模擬，抗原肽順利穿過了TAP分子，到達內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔，完成了轉(zhuǎn)運過程。根據(jù)模擬過程中體系均方根偏差（Root

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