ABEEMσπ-MM—應(yīng)用于蛋白質(zhì)體系的模擬與分子對(duì)接的研究.pdf

1、本文利用ABEEMσπ浮動(dòng)電荷力場(chǎng)(ABEEMσπ/MM)對(duì)DER F2、SARS-COV mainprotease、Plasminogen、Ascaris Trypsin inhibitor和Methianyl-TRNA synthetase六種蛋白質(zhì)體系,在298K的真空條件下進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬研究中,并將模擬計(jì)算所得的蛋白質(zhì)中各類(lèi)原子的位置(包括Cα原子、骨架原子(C,Cα,N,O)、重原子以及側(cè)鏈原子)、鍵長(zhǎng)、鍵角、二面角值以及

2、回旋半徑值,分別與實(shí)驗(yàn)晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)和AMBER力場(chǎng)的模擬結(jié)果對(duì)比,表現(xiàn)出很好的一致性。這表明ABEEMσπ/MM能夠通過(guò)分子力學(xué)模擬得到了與實(shí)驗(yàn)結(jié)構(gòu)十分接近的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。
　　 此外,我們進(jìn)一步將ABEEMσπ/MM應(yīng)用到重組人纖溶酶原Kringle1結(jié)構(gòu)域(K1pg)與ε-Aminocaproic Acid(EACA)、Trans-4-(Aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic Acid(AMC

3、HA)、L-Lysine(Lys)、7-aminoheptanoic acid(7-AHA)和benzylamine五種配體的半柔性對(duì)接計(jì)算中。通過(guò)對(duì)接計(jì)算所得的復(fù)合物K1pg/EACA和K1pg/AMCHA的結(jié)構(gòu)分析,我們可以得出,對(duì)接后的復(fù)合物結(jié)構(gòu)很接近實(shí)驗(yàn)晶體結(jié)構(gòu)。通過(guò)對(duì)復(fù)合物中的配體和受體分別在單獨(dú)存在下、模擬所得的復(fù)合物及晶體結(jié)構(gòu)中的電荷分布的分析表明:ABEEMσπ/MM模型能夠非常合理地描述受體與配體之間的靜電極化現(xiàn)象。此