基于離散事件方法的DNA復(fù)制過程仿真設(shè)計與實現(xiàn).pdf_第1頁
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文檔簡介

1、本文針對真核生物的DNA復(fù)制過程的仿真,提出了一種基于離散事件的仿真方法。真核生物的DNA復(fù)制過程是從基因組上的多個位點開始的,這些位點被稱作復(fù)制源點。復(fù)制過程的開始是由復(fù)制源點的觸發(fā)引起的。當(dāng)復(fù)制源點觸發(fā)會生成兩個沿著基因組異向運(yùn)動的復(fù)制叉,當(dāng)基因組上所有的復(fù)制叉都停止運(yùn)動并且不存在還處于準(zhǔn)備復(fù)制狀態(tài)的復(fù)制源點時,DNA的復(fù)制過程結(jié)束。
  然而,在整個DNA復(fù)制過程當(dāng)中復(fù)制源點的觸發(fā)時間并不確定,有些源點傾向于在復(fù)制過程早期觸

2、發(fā),而另外一些則傾向于在晚期觸發(fā),但是從整體來看,所有源點的觸發(fā)時間又體現(xiàn)出一定的隨機(jī)分布的規(guī)律,因此,其觸發(fā)機(jī)制尚未明確,而針對這一過程的仿真方法多樣而復(fù)雜,且主要分為兩類模型:確定性模型與隨機(jī)性模型。確定性模型將源點的觸發(fā)時間順序設(shè)定為確定的序列,在復(fù)制過程中源點的觸發(fā)有序進(jìn)行。隨機(jī)性模型將源點的觸發(fā)時間順序進(jìn)行隨機(jī)處理,在復(fù)制過程的進(jìn)行中未觸發(fā)源點的觸發(fā)時間會發(fā)生變化。本文中,將會基于一種隨機(jī)混合模型來運(yùn)用離散事件方法,該模型融合

3、了確定性模型和隨機(jī)性模型的特征。
  針對DNA復(fù)制過程的仿真,本文提出了一種基于離散事件的仿真方法。文中分析了DNA復(fù)制過程的特點,將復(fù)制源點的狀態(tài)描述為離散狀態(tài),而將復(fù)制源點的復(fù)制叉運(yùn)動描述為連續(xù)狀態(tài);并明確離散狀態(tài)的改變是由連續(xù)狀態(tài)的改變而引起的,給出了離散狀態(tài)的轉(zhuǎn)變關(guān)系,既多個離散事件;提出了離散事件的定義,描述,特性及關(guān)系;提出了一套基于離散事件的仿真方法及流程,并進(jìn)行了離散事件仿真程序?qū)崿F(xiàn)。結(jié)果表明,本文提出的基于離散

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