化學腳本編輯器的設(shè)計與實現(xiàn).pdf

1、計算化學是化學與計算機科學高度交叉、相互滲透的新興學科。主要研究內(nèi)容包括：化學知識(如化學表達式、化學反應(yīng)及其機理和條件等)的計算機表示；化學反應(yīng)機理的理論計算、分子模擬等。目前已有許多化學軟件應(yīng)用在不同的計算化學領(lǐng)域，如Gaussian是從頭計算使用最廣泛的化學軟件，是研究諸如取代效應(yīng)，反應(yīng)機理，勢能面等的有力工具；MOPAC是使用最廣泛的半經(jīng)驗量化程序，用于研究氣體，溶液和固體的化學特性等。這些軟件的普遍應(yīng)用大大推動了計算化學的飛速

2、發(fā)展。隨著化學研究問題的復(fù)雜度越來越高，化學家需要采用眾多軟件協(xié)同完成研究工作，這使得以網(wǎng)格技術(shù)為基礎(chǔ)的化學研究環(huán)境受到越來越多的重視。網(wǎng)格環(huán)境具有資源共享的特性，多種計算化學相關(guān)的軟件可以協(xié)作處理用戶所提交的任務(wù)。
　　 然而，不同的軟件使用的腳本語言不同，這就導(dǎo)致化學家在使用這些資源時，不得不掌握它們各自規(guī)定的語言，這在很大程度上限制了計算化學的發(fā)展，成為各種計算化學在實際應(yīng)用中的一個瓶頸問題。 UDLC(UnifiedJo

3、b-Description Language on Chemical-Grid)研究目標是在已有化學軟件的腳本語言的基礎(chǔ)上，借助形式語言學的方法，設(shè)計一種面向化學家的通用化學作業(yè)描述語言，使其既具有化學軟件腳本語言描述準確、執(zhí)行效率高等優(yōu)點，又符合化學家的日常書寫習慣，最大限度地滿足計算化學相關(guān)研究工作的需要。在語法實現(xiàn)的過程中，如何抽取現(xiàn)有化學軟件腳本語言的共性成為實現(xiàn)UDLC最終目標至關(guān)重要的一個組成部分。因此作為前期準備工作，設(shè)計

4、和開發(fā)一種可以支持多種化學語言的編輯器成為必不可少的一部分。
　　 本論文的研究目標是設(shè)計并實現(xiàn)一個支持多種化學腳本語言的編輯器。本文在論述了計算化學特點并分析網(wǎng)格應(yīng)用特點，探討國內(nèi)外化學腳本編輯器的基礎(chǔ)上，針對目前計算化學領(lǐng)域流行的腳本編輯器的特點，提出了化學腳本編輯器的整體開發(fā)思路，并提供了化學腳本編輯器針對高斯腳本的具體實現(xiàn)。該化學腳本編輯器不僅為化學家提供了語法檢查功能，而且提供語法高亮、鼠標雙擊、內(nèi)容提示、文本裝飾、文

5、本懸浮幫助、標注懸浮幫助、快速幫助、超鏈接、模版、腳本結(jié)構(gòu)展示等輔助性功能。
　　 本文的主要工作及研究成果如下：
　　 1.通過調(diào)研已有的編輯器構(gòu)架，提出了構(gòu)建化學腳本編輯器的總體設(shè)計思路。
　　 2.通過深入調(diào)研各種化學軟件所提供的編輯器特點，總結(jié)其共性，確定了本化學腳本編輯器所應(yīng)具備的功能。
　　 3.通過研究Eclipse插件開發(fā)機制、JFace文本框架、DLTK框架，結(jié)合所提出的化學腳本編輯器整