分子遺傳變異數據處理平臺的構建.pdf

1、課題來源：南方醫(yī)科大學2005級碩士學位論文分子遺傳變異數據處理平臺的構建APlatfo瑚forMolecularGeneticVariantDataProcessing專業(yè)名稱學位申請人生物醫(yī)學工程閆微指導教師鄧親愷答辯委員會主席答辯委員會成員吳效明教授譚潤初教授楊豐教授陳亞明高級工程師郭勁松高級工程師論文評閱人吳效明教授楊豐教授2008年4月15日IIIIIIIIIIIIIIIIIIFIIIY1812976分子遺傳變異數據處理平臺的

2、構建摘要碩士研究生：閏微指導教師：鄧親愷近年來，單核苷酸多態(tài)性(singlenucleotidepolymorphisms，SNPs)作為人類基因組中最常見的一種遺傳變異，成為新一代的遺傳標記，在疾病易感基因、藥物敏感性、人類進化和群體遺傳學的研究中起重要作用。隨著大規(guī)模、高通量測序和分型技術的誕生和迅速發(fā)展，遺傳數據的數量、難度和復雜度的不斷增加，遺傳學家必須借助生物信息學的方法對數據進行分析和處理，才能得到他們感興趣的信息。在過去的

3、數年里出現了大量的軟件包和程序，用以實現遺傳統計方法，它們對遺傳學研究工作起到了非常關鍵的作用。這些工具雖然對用戶隱藏了復雜的計算過程，但是在操作使用方面存在局限，遺傳工作者常常會感到難以駕馭。此外，遺傳數據的管理與處理通常是在Linux環(huán)境下進行的，由于Linux能提供大量數據的高通量的并行計算，很多分析軟件是在Linux操作系統下構建的，但其專業(yè)化的操作界面亦不為生物學工作者所熟知。為此，在LimLx環(huán)境下整合遺傳分析工具，構建一個

4、操作簡單、界面友好且功能強大的分子遺傳變異數據處理的平臺，能夠更好的處理數據。本平臺采用瀏覽器／服務器(B／S)架構，以ApacheHTTP服務器為Web服務器，結合MySQL數據庫來管理平臺數據，采用Perl語言為開發(fā)工具，因為它是一種膠水語言，可以無縫整合多種遺傳變異數據分析軟件包。平臺的應用環(huán)境是CentOSLinux操作系統，目前本研究已實現平臺的大部分功能，能對國際權威數據庫HapMap、dbSNP、SeattleSNPs，以