蛋白質(zhì)二聚體構(gòu)象的預(yù)測(cè)方法及其應(yīng)用.pdf

1、在生物體內(nèi)，蛋白質(zhì)二聚體的形成是很多蛋白質(zhì)行使功能的前提。蛋白質(zhì)二聚體構(gòu)象的解析與預(yù)測(cè)是結(jié)構(gòu)生物學(xué)與生物信息學(xué)研究的重要領(lǐng)域之一。長(zhǎng)久以來(lái)，蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對(duì)接已成為預(yù)測(cè)二聚體構(gòu)象的重要方法。但該法在應(yīng)用時(shí)耗時(shí)長(zhǎng)且準(zhǔn)確率偏低。因此，為了提升蛋白質(zhì)分子對(duì)接的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率，本論文提出了以二聚化界面預(yù)測(cè)為指導(dǎo)的優(yōu)化分子對(duì)接流程。實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示，新流程具有82.3％二聚化界面預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率，二聚體預(yù)測(cè)構(gòu)象與實(shí)際晶體結(jié)構(gòu)的吻合程度達(dá)74％。經(jīng)過(guò)與在線分子對(duì)

2、接服務(wù)器HEX的對(duì)比，新流程預(yù)測(cè)的二聚體構(gòu)象平均RMSD值優(yōu)于HEX預(yù)測(cè)結(jié)果近2倍。由此可見(jiàn)，本文開(kāi)發(fā)的分子對(duì)接優(yōu)化流程能極大地提高預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)二聚體構(gòu)象的準(zhǔn)確率。
　　為了進(jìn)一步應(yīng)用新流程，我們將抗艾滋病藥物的重要靶點(diǎn)，HIV-1整合酶(IN)作為研究對(duì)象。HIV-1 IN被發(fā)現(xiàn)存在同源二聚體現(xiàn)象，因而我們使用新對(duì)接優(yōu)化流程成功預(yù)測(cè)了全長(zhǎng)HIV-1 IN同源二聚體構(gòu)象，并運(yùn)用分子動(dòng)力學(xué)模擬研究碳納米管(CNT)結(jié)合對(duì)于HIV-1