豬圓環(huán)病毒2型遺傳進(jìn)化及影響PK15細(xì)胞microRNA差異表達(dá)的研究.pdf

1、豬圓環(huán)病毒（Porcine circovirus，PCV）是一種環(huán)狀、無囊膜的單股DNA病毒，是目前已知最小的動物病毒。豬圓環(huán)病毒病是一種由PCV引起的一種能導(dǎo)致被感染豬產(chǎn)生免疫抑制的高傳染性疾病。該病可引起斷奶仔豬多系統(tǒng)衰竭綜合征、豬皮炎腎病綜合征、豬呼吸道疾病綜合征、繁殖障礙等，對世界養(yǎng)豬業(yè)帶來極大的危害和巨大的經(jīng)濟(jì)損失。根據(jù)抗原性的不同，可將PCV分為兩個血清型，其中PCV1對豬不致病，而PCV2對豬具有致病性。PCV2感染后還可

2、以破壞動物機(jī)體的免疫系統(tǒng)，造成嚴(yán)重的免疫抑制，給養(yǎng)豬業(yè)造成嚴(yán)重的威脅和巨大的經(jīng)濟(jì)損失。目前，國際上將PCV2分為PCV2a、PCV2b和PCV2c三個主要的基因型。在我國，PCV2a、PCV2b均有流行，其中以PCV2b基因型為主。
　　為了解近幾年P(guān)CV2在廣東省的流行情況以及豬群的感染情況，本研究對從廣東地區(qū)采集的血清以及疑似斷奶仔豬多系統(tǒng)衰竭綜合征病豬的病料進(jìn)行抗體檢測、抗原檢測、病毒分離鑒定和遺傳進(jìn)化分析。同時對PCV進(jìn)行

3、密碼子偏向性分析，填補(bǔ)了PCV密碼子研究空白。結(jié)果顯示：2013年9月至2015年12月，廣東地區(qū)豬群PCV2血清抗體總陽性率為71.89％。成功分離5株P(guān)CV2毒株，5株P(guān)CV2分離株之間的核苷酸同源性在95.2%～99.2%之間，與參考毒株的同源性在94.9%～99.7%之間，并且同源性最高的參考毒株有2013年的廣東分離株、2008年的北京分離株、2005年的山東分離株和2008年的廣西分離株，說明廣東地區(qū)PCV2的遺傳背景來源相

4、當(dāng)復(fù)雜。
　　通過對PCV密碼子的偏向性研究發(fā)現(xiàn)，在PCV1和PCV2中確實(shí)存在密碼子使用偏向性；PCV的平均有效密碼子數(shù)超過50，說明PCV的密碼子使用偏向性較低；其中PCV1密碼子偏向性中突變壓力比自然選擇發(fā)揮更重要的作用，而對于PCV2，突變壓力和自然選擇發(fā)揮的作用相當(dāng)。ORF1、ORF2、ORF3能夠在一定程度上促進(jìn)PCV密碼子使用偏向性，并且PCV1的ORF密碼子使用模式與PCV2存在差異。分析PCV密碼子偏向性有利于深

5、入了解病毒的遺傳進(jìn)化方式以及密碼子的使用模式，從而為病毒的防控提供參考。
　　為揭示PCV2感染PK15細(xì)胞后致病機(jī)制，本文利用高通量測序技術(shù)和生物信息學(xué)方法對PK15細(xì)胞感染PCV2前后microRNA表達(dá)譜進(jìn)行分析研究。差異分析顯示：與對照組相比，PCV2感染組1.5fold-change顯著差異表達(dá)已知microRNA18個，其中上調(diào)12個，下調(diào)6個。新miRNA差異表達(dá)的有8個，其中上調(diào)6個，下調(diào)2個。通過定量驗(yàn)證和分析，

6、篩選了關(guān)注的10個已知miRNA。通過互作網(wǎng)絡(luò)分析篩選了重要miRNA:ssc-miR-328；重要基因：ATG和JUN(AP1)；重要通路：Toll樣受體信號通路。發(fā)現(xiàn)了PCV感染細(xì)胞中病毒與先天免疫之間的重要的相互作用，同時為揭示病毒與宿主相互作用提供了重要的研究材料和數(shù)據(jù)。研究結(jié)果為未來豬抗病育種奠定分子生物學(xué)基礎(chǔ)；對認(rèn)識PCV2-宿主相互作用及其相關(guān)治療帶來新的啟示；有助于發(fā)現(xiàn)新的藥物作用靶標(biāo)或設(shè)計新的核酸疫苗，為PCV2的有效