21216.蛋白質(zhì)相互作用及其結(jié)合面熱點(diǎn)殘基的預(yù)測方法研究

1、中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)博士學(xué)位論文蛋白質(zhì)相互作用及其結(jié)合面熱點(diǎn)殘基的預(yù)測方法研究姓名：夏俊峰申請學(xué)位級別：博士專業(yè)：生物信息學(xué)指導(dǎo)教師：黃德雙20100401摘要這種編碼策略的支持向量機(jī)預(yù)測模型上的實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明我們的方法能有效提高蛋白質(zhì)相互作用的預(yù)測結(jié)果。3構(gòu)建了一個元學(xué)習(xí)方法模型來預(yù)測蛋白質(zhì)相互作用。在我們上述提出的兩種特征編碼方法基礎(chǔ)上，我們又根據(jù)相關(guān)的研究報道，選擇了四種性能良好的編碼方法。然后通過這些不同的特征編碼方法結(jié)合支持向量機(jī)建

2、立了六種基于蛋白質(zhì)序列的相互作用預(yù)測單分類器模型。在這些性能優(yōu)異的單分類器模型基礎(chǔ)上，我們構(gòu)建了基于元學(xué)習(xí)方法的蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測集成學(xué)習(xí)系統(tǒng)。結(jié)果表明元學(xué)習(xí)方法模型能夠使預(yù)測性能獲得較大的提升。此外，我們的模型在跨物種數(shù)據(jù)集上也表現(xiàn)出了良好的性能。4提出了一種基于氨基酸溶劑可及性和突出指數(shù)的相互作用結(jié)合面熱點(diǎn)殘基預(yù)測方法。在應(yīng)用計算方法來研究蛋白質(zhì)相互作用結(jié)合面熱點(diǎn)殘基時，如何選擇有效的生物特征是需要解決的關(guān)鍵問題。我們首先從蛋白質(zhì)序

3、列和結(jié)構(gòu)出發(fā)，提取了一系列與熱點(diǎn)殘基可能相關(guān)的生物特征。然后通過特征選擇，構(gòu)建了九個基于單一特征的支持向量機(jī)分類模型。最后，為了進(jìn)一步提高熱點(diǎn)殘基預(yù)測的精度，我們使用了簡單的多數(shù)投票表決法來對這九個模型的輸出進(jìn)行了集成決策處理。我們的研究表明氨基酸殘基的溶劑可及性和突出指數(shù)是熱點(diǎn)殘基預(yù)測中的主要判別特征。在這里，我們是首次應(yīng)用氨基酸殘基的突出指數(shù)來對熱點(diǎn)殘基進(jìn)行預(yù)測。實(shí)驗(yàn)結(jié)果證實(shí)了我們的方法能更加有效地對熱點(diǎn)殘基進(jìn)行分類，在預(yù)測精度上有