枳根生長(zhǎng)cDNA文庫(kù)的構(gòu)建及生物信息學(xué)研究.pdf_第1頁(yè)
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文檔簡(jiǎn)介

1、枳是我國(guó)柑橘產(chǎn)業(yè)最主要的砧木品種,具有耐寒、抗多種病害等優(yōu)良特性。為了解枳根中基因的總體表達(dá)狀況及發(fā)掘枳優(yōu)良基因,本文構(gòu)建了枳根的cDNA全長(zhǎng)文庫(kù),并對(duì)得到的EST片段進(jìn)行測(cè)序和生物信息學(xué)分析,得到如下研究結(jié)果:
　　 1.以TRIZOL法提取枳根總RNA,經(jīng)反轉(zhuǎn)錄和LD-PCR合成雙鏈cDNA,隨后用內(nèi)切酶SfiⅠ進(jìn)行酶切,通過(guò)CHROMASPIN-400柱去除小于500bp的片段,將長(zhǎng)片段混合物與載體pDNR-LIB連接,最

2、后用熱激法轉(zhuǎn)化大腸桿菌JM109,從而構(gòu)建了枳根的全長(zhǎng)cDNA文庫(kù)。經(jīng)檢測(cè),該文庫(kù)的重組率為95％,原始文庫(kù)容量為1.08×106pfu·mL-1。
　　 2.從枳根的cDNA全長(zhǎng)文庫(kù)中隨機(jī)選取400個(gè)克隆進(jìn)行測(cè)序,得到有效長(zhǎng)度大于150bp的ESTs序列386條,ESTs序列平均長(zhǎng)度為560bp,有效序列長(zhǎng)度跨度從150bp至1571bp。通過(guò)BioEdit軟件對(duì)獲得的386條EST序列進(jìn)行拼接,獲得178個(gè)獨(dú)立基因(Unig

3、enes),其中包括43個(gè)Contigs和135個(gè)Singlets。
　　 3.對(duì)UniGenes進(jìn)行同源搜索,發(fā)現(xiàn)125個(gè)UniGenes在GeneBank中有同源序列,占70.3％;53個(gè)基因未發(fā)現(xiàn)同源序列,占29.7％。功能注釋顯示15％的UniGenes與生物或非生物應(yīng)激反應(yīng)相關(guān)。
　　 4.對(duì)獲得的178個(gè)UniGenes進(jìn)行ORF Finder分析,結(jié)果有36個(gè)UniGenes具有完整開(kāi)放閱讀框(ORF),占

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