蛋白質(zhì)序列一級(jí)結(jié)構(gòu)圖形構(gòu)造及相似性分析.pdf

1、近些年，隨著基因數(shù)據(jù)庫(kù)中的生物序列不斷增多以及測(cè)序手段的不斷完善，越來(lái)越多的國(guó)內(nèi)外學(xué)者著力于對(duì)DNA序列與蛋白質(zhì)序列的非序列組比對(duì)方法進(jìn)行研究?；诜切蛄薪M比對(duì)方法比基于序列組比對(duì)方法具有更好的可視性，更好的局部特征等優(yōu)點(diǎn)，所以可以更好地挖掘序列中局部的生物信息。本文基于非序列組比對(duì)的方法，提出一種新的蛋白質(zhì)序列一級(jí)結(jié)構(gòu)圖形表示方法，對(duì)不同物種間的序列進(jìn)行了相似性分析和系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的構(gòu)造，具體研究工作如下：
　　1.本文基于氨基酸的

2、疏水性、pKα(COOH)、 pKα(NH+3)這三種理化性質(zhì)通過(guò)變換公式將蛋白質(zhì)序列中的氨基酸映射到三維空間中，使其產(chǎn)生坐標(biāo)并且均勻分布在空間象限里。然后再利用公式迭代求和獲取蛋白質(zhì)序列對(duì)應(yīng)的三維空間坐標(biāo)點(diǎn)，最后使用三次B樣條插值樣條曲線插值這些型值點(diǎn)，構(gòu)造了一條光順的蛋白質(zhì)序列一級(jí)結(jié)構(gòu)三維曲線。
　　2.在得到蛋白質(zhì)序列三維曲線之后，我們對(duì)其進(jìn)行了特征提取，利用空間曲線的幾何特性如曲率與撓率描述了蛋白質(zhì)曲線在三維空間中彎曲與扭

3、曲的程度。其次介紹了幾種常用的特征向量相似性測(cè)度的方法，并且在基于Canberra距離的情況下，提出了一種新的循環(huán)Canberra距離方法，通過(guò)與ClustalW算法得到的標(biāo)準(zhǔn)結(jié)果作相關(guān)性比對(duì)證明了本文方法的可行性，然后又與其他文獻(xiàn)方法做了比較，證明了本文方法的優(yōu)越性。最后用相關(guān)系數(shù)顯著性檢驗(yàn)中的t檢驗(yàn)方法證明了本文的實(shí)驗(yàn)結(jié)果不是偶然得到。
　　3.基于蛋白質(zhì)序列圖形中特征向量相似性測(cè)度的結(jié)果，我們構(gòu)造了相應(yīng)的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)。具體實(shí)驗(yàn)