基于染色質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)的基因調(diào)控結(jié)構(gòu)分析.pdf

1、染色質(zhì)三維空間結(jié)構(gòu)對基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控具有重要的作用，一方面影響基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)域的活性，另一方面調(diào)節(jié)基因組上順式調(diào)控元件與反式作用因子的結(jié)合。多外顯子基因和單外顯子基因具有不同的轉(zhuǎn)錄調(diào)控特點，它們的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)域可能具有不同的染色質(zhì)相互作用模式。因此，本課題重點研究染色質(zhì)相互作用的全基因組分布，分析多外顯子基因和單外顯子基因在轉(zhuǎn)錄起始位點附近區(qū)域的染色質(zhì)相互作用模式，并結(jié)合核小體定位、組蛋白修飾、拓撲關(guān)聯(lián)結(jié)構(gòu)域(TAD)、基因功能富集分析等研究

2、染色質(zhì)空間位點的相互作用對多外顯子基因以及單外顯子基因轉(zhuǎn)錄的調(diào)控作用。
　　通過系統(tǒng)分析人類染色質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)，我們發(fā)現(xiàn)染色體內(nèi)部的相互作用強度顯著大于染色體間的相互作用強度，小染色體(chr16-22)之間的相互作用強度要明顯高于較大染色體(chr1-9)之間的相互作用強度，而且染色體間的相互作用強度與基因密度有關(guān)。
　　人類基因組多外顯子基因和單外顯子基因在轉(zhuǎn)錄起始位點(TSS)附近區(qū)域的染色質(zhì)相互作用模式完全不同，多外

3、顯子基因在TSS上下游2000bp范圍的作用趨勢是一種“凹槽”模式，即在TSS區(qū)域染色質(zhì)相互作用弱，上下游遠端位點染色質(zhì)相互作用都逐漸增強;而單外顯子基因在TSS下游600bp位點左右形成一種“單峰”模式，即在TSS上游區(qū)域作用強度一般，在基因內(nèi)部區(qū)域作用最強，然后作用強度緩慢降低。在TSS附近，多外顯子基因和單外顯子基因分別形成5種和4種不同的染色質(zhì)相互作用模式圖譜。單外顯子基因位點的平均作用最大頻度小于多外顯子基因位點的平均作用最低