基于圖論的多蛋白質相互作用數(shù)據(jù)的聚類分析.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、隨著生命科學的發(fā)展，蛋白質組學已經(jīng)成為了重要的研究領域。其中，蛋白質相互作用網(wǎng)絡的分析研究已經(jīng)成為一個重要的課題。通過分析蛋白質相互作用網(wǎng)絡，挖掘其中的蛋白質復合物和功能模塊，揭示生命發(fā)展的規(guī)律。這一課題主要涉及三方面的內容：第一，蛋白質相互作用數(shù)據(jù)集的形成；第二，數(shù)據(jù)分析和挖掘的方法；第三，結果的評價。
　　本文收集了突變頻率較高的19個乳腺癌基因的相關蛋白質相互作用數(shù)據(jù)，通過整合形成了所有物種的乳腺癌高頻突變基因的蛋白質相互作

2、用數(shù)據(jù)集ABPPI和人類乳腺癌高頻突變基因的蛋白質相互作用數(shù)據(jù)集HBPPI。并運用Cytoscape生物信息分析軟件形成了兩個數(shù)據(jù)集的可視化蛋白質相互作用網(wǎng)絡。然后，運用K-medoids圖聚類算法和MCODE圖聚類算法對兩個數(shù)據(jù)集進行了聚類。兩種圖聚類算法雖然各有優(yōu)勢，但是也都有不足之處。K-medoids圖聚類算法初始化敏感，聚類結果多樣化。MCODE圖聚類算法所生成的簇不一定稠密。采用DBindex指標對聚類結果進行評價，MCOD

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