基于DNA序列的功能位點識別.pdf

1、由于基因序列中的功能位點與基因的調控、轉錄緊密相關,人們對這些位點進行了廣泛的分析。如何從DNA序列中準確地檢測出這些功能位點成為了生物信息學中的一項長期熱點。
　　 本文首先提出了一種基于熵度量的改進位置權重矩陣法,并以此方法對原核生物啟動子進行識別。該方法首先運用信息論中的信息熵提取出原核生物啟動子的保守位點,然后利用啟動子訓練集和非啟動子訓練集構建兩個相應的改進位置權重矩陣。根據矩陣中相應于保守位點和關聯(lián)片段的元素值,對測

2、試序列進行計分,最后根據分值對測試序列進行分類。在大腸桿菌基因序列上的實驗結果表明,該算法在敏感性、特異性、關聯(lián)系數(shù)以及精確度方面優(yōu)于現(xiàn)有的啟動子識別算法。
　　 第二,提出了一種基于新穎模式識別技術的核小體識別算法。此技術結合了兩種方法分別進行模式匹配和序列模糊性的去除。首先運用了電子技術中的鏡像匹配濾波器來匹配序列中的模式信息；再運用圖像處理中的概率松弛標示進行后續(xù)處理,根據位點左右的上下文信息減少或消除序列在測定過程中產生