基于序列裂解位點的凋亡蛋白亞細胞定位方法研究.pdf

1、凋亡蛋白對于物種發(fā)育和生物體內平衡的維持發(fā)揮著非常重要的作用。由于凋亡蛋白的功能與其所處的亞細胞位置緊密相關，因此對凋亡蛋白的亞細胞位點的準確預測有利于理解細胞程序性死亡的機理及其生物學功能。近年來，研究者們一直致力于蛋白質亞細胞定位預測方面的研究，取得了一些成果。但是在細胞凋亡蛋白的定位預測研究方面則涉及得較少。
　　 本文基于初始蛋白序列的裂解位點的預測提出了一種新的凋亡蛋白定位算法。在定位預測研究中，以往的研究者在提取蛋白

2、質序列特征時往往忽略蛋白質了分選信號生物信息，其中一種就是信號肽。在新生蛋白質上都存在著信號肽，信號肽決定了蛋白質分子在細胞內的去向，如果合理利用蛋白質信號肽就能預測蛋白質亞細胞的定位。本文的研究工作如下:
　　 首先用信號肽預測工具得到裂解位點，將肽鏈分成N-端信號序列和成熟端序列，然后分別從N-端和成熟端提取特征。除了提取兩端序列的氨基酸組分(ACC)作為特征之外，還必須考慮到蛋白質序列的整體排列順序信息，即“偽氨基酸”組分

3、(Pse-AAC)來代表氨基酸的順序信息。
　　 其次，提取整個鏈的立體化學特性作為蛋白質序列的特征之一?；谔├瞻被崽匦苑诸?，根據單個氨基酸的親疏水特性、大小、酸堿性、極性等其它物理化學性質及考慮到三種較特殊的氨基酸，將20種氨基酸歸為十類。這些特征信息完整地反映了蛋白質分子的生物學和理化性質等特征信息。
　　 最后，研究基于三個目前使用比較廣泛的凋亡蛋白基準數據集(ZD98，ZW225和CL317數據集)，使用SV